对于转让个人股权的个人所得税，股权转让人为纳税人，受让人为预扣代理人。受让人，无论是企业还是个人，都应按照《个人所得税法》的规定，认真履行其预扣税义务。
根据国家税务总局发布的《股权转让收入个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号），个人的股权转让余额为股权转让收入减去原始股权价值和合理费用要支付应税收入，请按照“财产转让收入”缴税。
首先，股权转让收入减去股权原值和合理费用的余额为应纳税所得额，按照“产权转让收入”缴纳个人所得税。这是中国公司股权转让的基本规定。由于涉及上市公司和股票限售的特殊情况，新三板上市公司有一些特殊规定。
1.解除禁令后出售限制性股票
根据《关于对上市公司限制性股份个人转让征收个人所得税有关问题的通知》（财税（2009）167号），自2010年1月1日起生效根据“财产转让收入”，该收入应按20％的税率缴纳个人所得税。限售股包括：2006年股权分置改革后首次发行股份的公司所形成的限售股，以及原先停售的股份，以及从上市首日起解除禁令的股份分配和转换。根据《国务院关于全国中小企业股权转让制度有关问题的决定》（国发[2013] 49号），“原则上，如果税收政策参与市场建设，则投资者的税收政策应包括以下内容：上市公司。”因此，上市公司的自然人投资者在转让上市公司的股份时必须支付财产转让所得的20％（股权转让所得的余额减去股权的原值，支出是应纳税所得额，根据“财产转让“收入”需缴纳个人所得税）。
2.出售非限制性股份
根据《关于暂时免征股权转让个人收入的个人所得税的通知》（财税字[1998] 61号），以配合企业改制，促进企业稳定发展。关于股票市场，该报告自1997年起获得国务院批准自2014年1月1日起，个人所得税继续暂时免除个人转让上市公司股票所得的收入。根据《国务院关于全国中小企业股权转让制度有关问题的决定》（国发〔2013〕49号），如何对上市公司股权转让所得款项纳税。政策参与市场建设，原则上是指上市公司投资者税收政策待遇。 ”因此，如果新三板上市公司的自然人股东出售非限制性股份，则免征个人所得税。这部分股份包括自解除限制以来尚未受到限制或已转让的股份。
3.在哪里缴纳个人所得税
根据“股份转让个人所得税管理办法”第19条的规定，“个人股份转让个人所得税应基于被投资公司所在的地方税务机关。”在被投资公司所在地申请纳税申报。