《财政部和国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税[2000] 42号）规定：
非营利性医疗机构以国家法律和法规规定的价格获得的医疗服务收入免征各种税款。根据国家法律法规未获得的医疗服务收入可能无法享受本政策。医疗服务是指医疗机构为患者进行检查，诊断，治疗，康复和提供预防性保健，分娩和计划生育服务的服务，以及提供药品，医疗材料，救护车，病房，和与这些服务有关的食物商业。
之后，政策开始发生变化：国税发[2012] 53号文第3条规定，非营利性医疗机构按国家规定的价格获得的医疗服务收入免征各种税费（1月1日， 2008年将来，不包括公司所得税）。
总之，如果非营利性医疗机构正常合法运作，则应根据非营利性单位的准确财务收支规定确定免税资格。没有企业所得税和营业税。除非是在非营利性招牌下，否则可以通过秘密地将超出范围的收入秘密收取而征收相应的税费。
1.根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》（以下简称《条例》）和实施细则，以及财政部和国家税务总局财税字（97）75号”关于事业单位和社会团体征收企业所得税有关问题的通知（以下简称“通知”）的有关规定，医疗卫生机构应当按照规定申报缴纳企业所得税。但是，实际上很少征收，特别是对于非营利组织。但是，如果还有其他应税收入，例如房屋租金收入等，则应缴纳所得税。
第二，公共机构和社会组织的税收，财政部和国家税务总局于1997年发布了“通知”，国家税务总局发布了“公共机构，社会组织和私人非政府组织企业单位”（1999年）。《企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），但在实际征收管理中仍然存在许多问题。我们认为，有些政策还不够完善。
（1）公司所得税免税方面。
医院的收入主要包括五项：①财政补贴收入； ②上级补助收入； ③医疗收入； ④药品收入； ⑤其他收入（包括培训收入，救护车收入，废钢价格变动收入以及无用收入）受限制的捐款和外国投资收入，利息收入等）。比较“通知”和“措施”，我们认为：
1，①②是免税收入。《通知》第二条第二款规定：事业单位从主管部门和上级单位获得的业务发展专项补助收入，免征企业所得税。拨款收入免征企业所得税。
2.对第③项是否已征税存有疑问。《通知》第二条第三款规定：国务院，省人民政府批准或者省财政计划部门联合批准的行政收费，包括在财政预算管理或预算外专项管理中资金应免除征收企业所得税。该规定具有三层含义：第一，必须是管理费；第二，必须是管理费。第二，必须是经国务院，省人民政府批准或者由省财政计划部门联合批准的收费项目；第三，费用收入必须包括在财务预算管理中或预算外资金的特别账户管理。与该法规相比，关于医疗收入的三个问题需要澄清：
（1）医疗收入是管理费还是营业收入？
（2）免税项目是否包括省级财政和“价格”部门共同批准的医疗收费项目？
（3）《办法》中的“企业所得税免税”项目不包括“省级财政和计划部门的联合批准”。从1999年起省级财政和计划部门共同批准的收费项目是否免税范围？
3.《营业税暂行条例》第8条免征营业税：（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；