新所得税法实施后，非营利性医疗机构的医疗服务收入免征企业所得税。有利可图的企业要缴纳所得税。
财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000] 42号）：
2.营利性医疗机构的税收政策（1）营利性医疗机构所获得的收入应按规定征收各种税款。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税三年免税期届满后，将恢复税收。（二）将盈利性医疗机构的药店分为独立的药品零售企业的，应当按规定征收各种税费。根据上述规定，营利性医疗机构必须缴纳企业所得税。
1.根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》（以下简称《条例》）和实施细则，以及财政部和国家税务总局财税字（97）75号”关于事业单位和社会团体征收企业所得税有关问题的通知（以下简称“通知”）的有关规定，医疗卫生机构应当按照规定申报缴纳企业所得税。但是，实际上很少征收，特别是对于非营利组织。但是，如果还有其他应税收入，例如房屋租金收入等，则应缴纳所得税。
第二，公共机构和社会组织的税收，财政部和国家税务总局于1997年发布了“通知”，国家税务总局发布了“公共机构，社会组织和私人非政府组织企业单位”（1999年）。《企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），但在实际征收管理中仍然存在许多问题。我们认为，有些政策还不够完善。
（1）公司所得税免税方面。
医院的收入主要包括五项：①财政补贴收入； ②上级补助收入； ③医疗收入； ④药品收入； ⑤其他收入（包括培训收入，救护车收入，废钢价格变动收入以及无用收入）受限制的捐款和外国投资收入，利息收入等）。比较“通知”和“措施”，我们认为：
1，①②是免税收入。《通知》第二条第二款规定：事业单位从主管部门和上级单位获得的业务发展专项补助收入，免征企业所得税。拨款收入免征企业所得税。
2.对第③项是否已征税存有疑问。《通知》第二条第三款规定：国务院，省人民政府批准或者省财政计划部门联合批准的行政收费，包括在财政预算管理或预算外专项管理中资金应免除征收企业所得税。该规定具有三层含义：第一，必须是管理费；第二，必须是管理费。第二，必须是经国务院，省人民政府批准或者由省财政计划部门联合批准的收费项目；第三，费用收入必须包括在财务预算管理中或预算外资金的特别账户管理。与该法规相比，关于医疗收入的三个问题需要澄清：
（1）医疗收入是管理费还是营业收入？
（2）免税项目是否包括省级财政和“价格”部门共同批准的医疗收费项目？
（3）《办法》中的“企业所得税免税”项目不包括“省级财政和计划部门的联合批准”。从1999年起省级财政和计划部门共同批准的收费项目是否免税范围？
3.《营业税暂行条例》第8条免征营业税：（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；