只有当主管卫生部门将其确认为非营利性医疗机构时，才可以免除公司所得税。营利性医疗机构可从认证之日起3年内免征企业所得税。
按照政府规定的范围和标准缴纳的“五险一金”，即基本社会保险费，如基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费，工伤保险费。 ，孕妇保险费和住房公积金可以扣除
企业为投资者或雇员支付的补充养老保险费和补充医疗保险费应在国务院财税部门规定的范围和标准（5％）内扣除。
财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000] 42号）：
2.营利性医疗机构的税收政策（1）营利性医疗机构所获得的收入应按规定征收各种税款。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税三年免税期届满后，将恢复税收。（二）将盈利性医疗机构的药店分为独立的药品零售企业的，应当按规定征收各种税费。根据上述规定，营利性医疗机构必须缴纳企业所得税。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条，企业的下列收入为免税收入：
（1）国债利息收入
（2）符合条件的居民企业之间的股息，股息和其他股权投资收益
（3）在中国设有机构和场所的非居民企业从居民企业获得与股本和场所实际相关的股利投资收益，如股息和红利
（4）合格的非营利组织的收入。”
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第85条规定：“合格的非营利组织的收入不包括从事营利性活动的非营利组织的收入活动，但国务院财政税务部门除非部门另有规定。 ”
此外，根据财政部和国家税务总局关于非营利组织“企业所得税免税收入的通知”（财税[2009] 122号），“营利组织免税收入：
（1）从其他单位或个人获得的收入
（2）《中华人民共和国企业所得税法》第7条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括政府购买服务所得的收入
（3）根据省级以上民政，财政部门的规定收取的会费
（4）非应税收入和免税收入滋生银行存款利息收入
（5）财政部和国家税务总局规定的其他收入。”
因此，医院被认为有资格获得非营利组织的上述符合条件的收入免征公司所得税。