跨地区项目部预缴税款：总公司应将项目实际营业收入的0.2％预分配给项目所在地，以征收企业所得税，而项目部应预付给当地主管税务机关（仅用于省际，自治区，直辖市和计划分开的城市。对于非跨省，异地建设，国家不要求预先缴纳企业所得税。
总公司预付的税款：扣除项目部门预付的企业所得税后，将根据总余额在总公司所在地预付。
根据2010年第2号公告，《关于跨区域建筑施工企业所得税的征收和管理问题》：
1.本市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括由二级以下分支机构管理的项目部门）可以提供由主管税务机关签发的《对外经营活动税收管理证书》。总部所在地的机关总公司出具的证明文件，证明项目部门属于总公司或二级分支机构管理部门的证明文件，应按发票金额的0.2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业，只要符合二级分支机构的要求，并可以提供“企业所得税汇总税科分配表”，申报并缴纳企业所得税在注册地区或县的税务机关。
2.我市其他省市的建筑业企业设立的项目部门（包括第二级以下分支机构管理的项目部门）不能提供主管部门出具的《对外经营活动税收管理证书》。总公司所在地的税务机关。或总公司出具项目部属于总公司或二级分支机构的证明文件，应当以独立纳税人的名义现场缴纳企业所得税，并按8％的应纳税所得额缴纳。截至2011年4月1日的发票金额企业所得税是按发票金额的2％缴纳企业所得税。
在我市经营和设立分支机构的其他省市的建筑企业不符合二级分支机构的要求；尽管它们满足二级分支机构的要求，但是它们不能提供“企业所得税汇总税收分支机构分配表”。从2011年4月1日起，将按发票金额的8％（即发票金额的2％）的应纳税所得额缴纳企业所得税。