运输公司的企业所得税应通过审计收取。如果帐户混乱，并且难以检查帐户，则税务机关可以核实收款情况。
运输行业企业所得税的目的是运输收入和运输行业纳税人获得的其他收入。
基本计算公式：应税收入=总收入-可扣除项目的金额，应税收入=应税收入×税率。
运输行业的企业所得税通常每季度预缴一次。
根据国家税务总局印发（企业所得税征收征收办法）（试行）的通知（国税发〔2008〕030号）：
如果使用应税所得税率来批准企业所得税的征收，则应纳税额的计算公式如下：
应付所得税=应纳税所得额×适用税率
应税收入=应税收入×应税收入率
新成立的运输和物流公司需缴纳11％的增值税和其他税款。
每月支付：
1.增值税（小规模纳税人的税率为3％，一般纳税人的税率为11％）
2.城镇建设税（增值税+营业税+消费税）税额*适用税率，适用税率是指纳税人所在城市地区7％的税率。城镇的税率为5％，城市，县和城镇的税率为1％
3.教育附加费（增值税+营业税+消费税）* 3％
4.地方教育费附加费（增值税+营业税+消费税）* 2％
5.水利建设基金（按销售收入的0.1％收取和支付）
6.企业所得税（利润总额* 25％）。新的所得税法规定法定税率为25％。内资企业和外资企业相同。国家需要15％的高科技企业，20％的小型和营利性企业以及20％的非居民企业。
7.印花税0.3‰（基于购买和销售金额）
每年支付
8，车船使用税
9，财产税
10.土地使用税