建设企业所得税的征收管理问题，应当按照下列规定执行：（一）有实行一般性，分事业性制度的跨地区经营的建筑企业，应当严格执行国家税务总局的通知。印发《跨地区经营性纳税企业所得税征收管理暂行办法》《国税发〔2008〕28号》规定，企业所得税应按照“统一计算，分级管理，现场预付款，汇总清算，财务调整”的方法计算和缴纳。 。2.跨地区建设公司设立的不符合二级分支机构要求的项目经理（包括与项目经理性质相同的项目总部和合同分部），应汇总到总公司或二级分支机构进行统一计算。企业所得税按照国税发〔2008〕28号文件规定的方法计算缴纳，上述项目管理部门不预先缴纳企业所得税。
根据《国家税务总局关于跨地区营业税金征收和管理企业所得税若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）第四条，国税函发[2008] 28号未执行或未执行上述文件中规定的纳税企业跨地区经营的正确实施，会导致企业所得税的预缴，导致总公司和分公司的一方或多方支付更多的税款。预付款，而另一方（或多方）预先付款少。总公司或分支机构当场预缴的企业所得税低于按照上述文件计算分配的税额，总公司应当在以后的期间内分配按照上述文件计算分配的税款差额。预付款期。去总部或分行付款。总公司或分支机构当场预缴的企业所得税高于上述文件计算确定的税额，总公司应当在以后的预缴期内提取计算和分配的税额差额。从上述文件中合计从机构或分支机构的预付款中扣除。