如果您的分支机构的公司所得税是在总部集体缴纳的，则总部应签发经税务机关批准的“税收分配表”，分支机构将根据“税收分配表。
如果已分配税为零，则将在本地申报零。
如果不是集体付款，则应根据分支机构的利润来缴纳企业所得税。
建设企业所得税的征收管理问题，应当按照下列规定执行：（一）有实行一般性，分事业性制度的跨地区经营的建筑企业，应当严格执行国家税务总局的通知。印发《跨地区经营性纳税企业所得税征收管理暂行办法》《国税发〔2008〕28号》规定，企业所得税应按照“统一计算，分级管理，现场预付款，汇总清算，财务调整”的方法计算和缴纳。 。2.跨地区建设公司设立的不符合二级分支机构要求的项目经理（包括与项目经理性质相同的项目总部和合同分部），应汇总到总公司或二级分支机构进行统一计算。企业所得税按照国税发〔2008〕28号文件规定的方法计算缴纳，上述项目管理部门不预先缴纳企业所得税。
根据国家税务总局关于发布《跨地区营业税缴纳企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）：“第二条居民企业中国境内，自治区，直辖市和计划分开的城市，以下同样适用，设立没有法人资格的分支机构，居民企业为跨地区合并纳税企业（以下简称“集体纳税企业）。此方法适用。
......第32条居民企业在中国没有跨区域分支机构，没有法人资格，只能在同一省，自治区，直辖市设立。没有法人的政府和有不同计划的城市（以下简称同一地区）合格分支机构的企业所得税征收管理办法，由省，自治区，直辖市，计划城市的国家税务局和地方税务局共同制定。在中国境内设立无法人资格的跨地区分支机构并在同一地区内设立无法人地位的分支机构的居民企业，应当执行本办法对企业所得税的征收管理。
第三十三条本办法自2013年1月1日起生效。”
根据国家税务总局关于发布《企业所得税优惠政策处理办法的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）：“第十四条跨区域（省，自治区）地区，中央直辖市和计划分开的城市）经营税收征管企业（以下简称税收征管企业）的优惠事项如下：
（1）分行享受免税收入，额外扣除研发费用，安置残疾人，促进就业以及部分地区税收优惠（西部开发，上海浦东新区经济特区，深圳前海，广东横琴）（福建平潭）以及购买环保，节能节水和安全生产专用设备的优惠税收抵免，应由第二级分支机构向主管税务机关备案。其他优惠事项，由总公司统一备案。
（2）总公司应汇总下属分支机构的登记优惠事项，填写“纳税企业分支机构优惠清单摘要”（见附件3），并与纳税人一起报告。企业所得税年度纳税申报表发送给其主管税务机关。同一省，自治区，直辖市，计划单列市的跨地区经营的累计纳税企业的优惠项目备案管理，由省税务机关决定。……第二十一条在执行本办法之前已经执行批准，审查或备案程序的常规减税和免税将不予重新记录。第二十二条本办法适用于2015年及以后年度企业所得税优惠政策的处理。”