根据财政部国家税务总局财税字[1997] 144号文件《关于住房公积金医疗保险基金和养老保险基金征收个人所得税有关问题的通知》：企业以现金形式支付给个人的补贴和医疗补贴个人所得税应按收款人当期工资和薪金所得全额计算和征收。 ”
因此，根据“住房公积金管理条例”和“建设部，财政部和中国人民银行关于中国住房建设若干具体问题的指导意见”的精神， 《住房公积金管理》（建政〔2005〕5号），您实际上，公司没有为“住房公积金”支付特别账户，应将其视为现金支付形式，并应计入当月薪水和缴纳个人所得税。
财税字[1997] 144号文规定，对参与改革的住房公积金，医疗保险基金和养老保险基金征收个人所得税，具体如下：
企业以现金方式支付给个人的住房补贴和医疗补贴，应全部计入接受者的当期工资，其工资收入应缴纳个人所得税。但是，外国人以实际报销和报销的形式获得的住房补贴，仍将按照财政部和国家税务总局公告的规定暂时免征个人所得税。关于个人所得税政策的问题（财税字[1994] 020号）。
另外：根据《北京市地方税务局关于澄清与个人所得税有关的业务政策问题的通知》，京地水阁[2002] 597号：建设部，国家计委，财政部，人民银行和国务院机构事务管理局，建设银行，中国直接管理局和北京市人民政府《关于进一步深化北京市中央和国家机关住房制度改革的实施方案》的规定，住房补贴标准为个人从单位取得的个人暂免征税所得税，超过标准的部分计入月薪以计算税额。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十九条规定：纳税人同时具有税法第二条第二款所列两项或两项以上的收入的，应当计算并计征。单独计算。如果从《税法》第二条第一，第二和第三项中获得两个或两个以上的收入，则应将相同的收入合并计算和纳税。附：哪些收入专门指税法第二条第一，第二和第三项：1.工资收入； 2.个体工商户的生产经营收入； 3.企事业单位合同经营活动和租赁经营活动的收入；国税函[2005] 382号文件规定：非全日制工作人员取得的收入，应按照“劳务收入”的应税项目缴纳个人所得税。提示：如果您从两个地方获得的收入都是工资收入，则应一起纳税。如果您不在另一所学校工作，而仅在临时讲课（兼职）上工作，则应计算临时工（兼职）所得的收入，并根据“劳动收入”分别纳税。并且按规定还应自行申报。附件：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第三十六条有下列情形之一的纳税人，应当按照规定向主管税务机关缴纳税款：（一）年度收入超过12万元； （2）从中国的两个或多个地点获得工资的人； （三）从中国境外取得收入的； （四）没有扣缴义务人取得应纳税所得额的； （五）国务院规定的其他情形。