根据《国家税务总局关于扣减行政机关未缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）第三条的规定：《税收征管法》规定的原则规定，扣缴义务人应代扣代缴未缴税款，无论适用《税收征管法》的修订版或修订版，均不向纳税人或扣缴义务人收取滞纳金。 。
不应向纳税人收取滞纳金。该文件明确指出：
1.《税收征管法》第69条：如果扣缴义务人代扣未缴税款，则税务机关应向纳税人追回税款，而扣缴义务人则不予扣缴罚款额超过税额的50％，且少于税额的三倍。
注意：这里写的是税收抵免，不是税收和滞纳金，也不是在税收返还后立即写成，滞纳金从滞纳之日起收取五十分之一。。
2，《国家税务总局关于行政机关应扣减个人所得税问题的批复》，国税函发〔2004〕1199号。
关于扣除的税款是否将收取滞纳金的问题
根据《税收征管法》规定的原则，扣缴义务人应扣缴未缴税款，无论是否适用修改后的《税收征管法》，均不得追究纳税人或扣缴义务人的滞纳金。费用。
该文件应该非常清楚：无论是新的税收法还是旧的税收法，无论是纳税人还是扣缴义务人，都不会收取任何滞纳金。
但是有些人不这么认为，原因有很多：
1.国家税务信函文件的有效性低于《税收管理法》的有效性，并且无效。
2和1199号文件是案件批准文件，并不具有普遍适用性。
3和1199号文件是指行政机关，其他纳税人不能申请。
4.代扣代缴人不代扣代缴，纳税人有义务自行申报和支付。纳税人未及时申报及时缴纳的，从逾期缴税之日起，加收滞纳金。
这些理由不合理：
1.与国家税务函件以及收税和管理法的效力有关的问题。法律文档具有层次结构的有效性是好的，但是如果下级文档的内容与上级文档的内容之间没有冲突，则下级文档不会失效。关于是否扣除税项，征收和管理法并不意味着需要收取滞纳金。如果是这样，第1199号通知违反了收款和管理法的规定，但收款和管理法未作规定。
2.案例审查不存在一般适用性问题，这是许多业务问题中都存在的问题。我对持这种观点的人无话可说。回答类似问题的案例不适用。这意味着所有相同类型的问题都必须一一咨询，而总务管理局必须一一发送文件。这不是很可笑吗？1199号通函是对广西的答复，因此其他省市也必须提出这个问题，而总局也会提供文件答复吗？
4.代扣代缴人不代扣代缴，纳税人有义务自行申报和支付。纳税人未及时申报及时缴纳的，从逾期缴税之日起，加收滞纳金。这种观点从根本上否定了1199号通知，并且无需反驳。
延伸阅读：1199号通告的全文如下：
《国家税务总局关于行政机关应扣除未缴纳个人所得税问题的批复》（国税函〔2004〕1199号）。
经研究后，贵局的“关于行政机关扣减个人所得税的法律责任问题的咨询”（贵地水宝[2004] 45号）：
一，关于个人所得税预扣代理人识别的问题
根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称“个人所得税法”）第8条，行政机关是个人所得税的代扣代缴人，并支付工资员工的奖金，奖金，补贴和其他工资工资性所得应依法代扣代缴个人所得税。
其次，扣缴义务人的法律责任应扣缴未缴税款
在2001年5月1日之前，应从代扣代缴机构代扣代扣代缴税款，以及经修订的《中华人民共和国税收征收和管理法》（以下简称《税收管理法》） ”）。