员工在公司的劳动收入（包括奖金）实物必须依法缴纳个人所得税，因此公司的行为是合法的，必须遵守。
根据《财政部国家税务总局关于展览会企业赠送礼品有关个人所得税问题的通知》（财税[2011] 50号）的有关规定，企业向个人赠送礼品在销售商品（产品）和提供服务的过程中分类为通过价格折扣或折扣销售商品（产品）并向个人提供服务的企业无需缴纳个人所得税。
因此，公司员工无需使用员工卡在公司超市购买的折扣价支付个人所得税。
为员工发行购物卡也要缴纳个人所得税。
因为国家税务局的税收政策明确规定，必须向受雇单位雇用的个人（无论是现金还是实物）缴纳个人所得税，因此使用超市购物卡作为雇员的行为福利发放给员工。员工的这些收入不属于免税福利费的范围，应纳入纳税人的（薪金，工资）收入，并按规定计算并缴纳个人所得税。
扩展配置文件：
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第6条关于工资收入的定义是指工资，工资，奖金，年终工资增长，劳动红利，津贴，与就业或就业相关的补贴和其他收入。个人收入的形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。
说明了何时支付福利
1.公司购买超市购物卡时的会计分录
借：预付费帐户购物卡
贷款：银行存款
2.此卡作为福利发给公司的雇员，属于雇员福利费。
借：雇员应付款-雇员福利
贷款：预付费帐户购物卡
3.月底及时分配福利费
借款：管理费用-员工福利
贷款：员工补偿应付福利费