应付债券的个人所得税=（2.5-0.03-2-0.02）* 20％= 0.09百万
甲先生的个人所得税的计算方法如下：
股权转让所得= 500-500 * 85％= 750,000元
税是根据股权转让收入计算的：75 * 20％= 150,000元
依据：国税函（2009）285号文