企业年金应区分个人缴费和企业缴费，并实行不同的税收待遇。
根据国家税务总局第694号文件的规定，在计算个人月薪和工资的个人所得税时，不能扣除企业年金的个人缴款部分。由于企业通常会从员工的个人工资中扣减企业年金中的个人供款，
因此，第694号文件规定，企业在扣缴员工个人所得税时，不得扣除年金的个人缴款部分。换句话说，对于企业年金中的个人供款，没有优惠的税收政策。
根据《财政部人力资源和社会保障部国家税务总局关于企业年金和专业年金个人所得税有关问题的通知》（财税[2013] 103号）：
“一世。企业年金和职业年金的个人所得税待遇
1.企业和事业单位（以下统称单位）应按照规定的方法和标准为在其单位任职或受雇的所有雇员支付企业年金或职业年金（以下统称年金）单位。根据国家相关政策当付款部分包含在个人帐户中时，个人不会临时支付个人所得税。
2.个人按照年金政策支付的年金部分，应从个人当期应纳税所得额中扣除，但不超过税额4％的标准。我的薪水基础
3.年金单位缴款和个人缴费超出本通知第1条第1项和第2条规定的标准的，应纳入个人的当期工资和薪金收入，个人所得税应为依法征收。设立年金的单位代扣代缴税款，并将税款申报并发放给主管税务机关。
4.企业年金的个人年金的计税基础为上一年的月平均工资。平均月薪是根据国家统计局规定的总薪资统计中的项目计算的。平均月薪超过雇员所在城市上一年所在城市雇员平均月薪300％的部分，不包括在个人缴费的税基中。
职业年金的个人供款工资的税基是员工的岗位工资和薪级表工资之和。雇员职位的薪资和薪级表中超过雇员所在城市上一年所在城市的雇员平均月薪的300％的部分，不包括在个人缴费的税基中。”