企事业单位代扣代缴个人所得税有两种情况：一是职工本人承担个人所得税，企事业单位仅承担代扣代缴义务。第二，企事业单位既要承担税收又要扣除支付义务。但是，无论哪种类型，个人所得税的会计处理方法都是相同的，即向员工支付工资并预扣员工应缴的个人所得税时，会进行以下会计分录：
借款：应付工资
贷款：应交税款-应交个人所得税当
实际申报并缴纳个人所得税时，将进行会计分录：
借：应纳税额-应交个人所得税
贷款：银行存款或现金
两者之间的差异主要体现在应付工资总额的差异上，也就是说，在相同工资待遇下，当单位为个人纳税时，需要累计更多应付工资。
应支付应纳税额-个人所得税帐户进行会计核算。
累积工资时：借入：管理费用（或生产费用，销售费用等）
贷款：应付员工
支付工资时：借款：应付给员工
贷款：银行存款（或现金）
应付税款-应付个人所得税
交税时：借：应交税额-应交个人所得税
贷款：银行存款
个人所得税应按人均计算，因为每个员工的薪水都不相同，并且中国的个人所得税采用累进税率和不同的实际税率。同时，一些员工可能不符合纳税标准，也不需要纳税。
根据《中华人民共和国个人所得税法》第11条，应根据预扣税款向预扣代理支付2％的手续费。国税发[1995] 065号第17条规定，扣缴义务人应当按照扣缴的税款缴纳2％的手续费。代扣代缴代理人可以将其用于代扣代缴费用，并对在代扣代缴和代扣代缴方面做得很好的纳税人给予奖励。
企业代扣代缴的职工个人所得税，应计入管理费用会计科目。
管理费用包括：
1.公司资金
总部管理人员的薪金，员工福利，差旅费用，办公室费用，董事会会员费，折旧费，维修费用，材料消耗，低值易耗品摊销和其他公司资金；
2.劳动保险费
是指退休金，价格补贴，已退休员工的医疗费用（包括退休人员参加的医疗保险基金），搬迁费用，员工退休福利，员工死亡和丧葬补贴，退休金以及根据需要支付给退休人员的费用各种干部经费和社会统筹基金的实施；失业保险费是指企业按照国家规定缴纳的失业保险金；
3.董事会会员费
是指企业最高权力机构及其成员为执行职能而产生的各种费用，包括差旅费和会议费。
4.其他费用
如果企业产生与生产和经营直接相关的招待费，则纳税人可以提供真实有效的证据或信息，并允许在以下限制内支出费用。
因此，企业为雇员代扣代缴的个人所得税部分应计入管理费用会计科目。
扩展配置文件：
计算企业为雇员代扣代缴的个人所得税的方法如下：
企业代扣代缴的部分个人所得税=主营业务收入-主营业务成本-期间支出-主营业务税金及附加=主营业务收入-主营业务成本-销售费用-财务费用-行政费用-主营业务税金及附加
产品的税前利润=产品销售收入-产品销售成本-售后销售税以及附加费-共享后费用
产品销售收入=国内销售收入+出口销售收入
产品销售成本是指与产品销售收入相对应的销售成本。
分摊后的营业税金和附加费=公司主营业务税和附加费×分摊比（基于销售额的评估）
分配后的期间费用=企业的期间总费用×分配比率（根据销售额分配）
分配比率（％）=此类产品的销售量/企业生产的所有产品（包括此类产品）的销售量×100％。
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