您好，计算个人所得税时会扣除社会保险。
根据财政部和国家税务总局关于基本养老保险费，基本医疗保险费，失业保险费和住房公积金相关个人所得税政策的通知
财税[2006]第10号）第1条“企业和事业单位根据州或省规定的支付比例或措施实际支付的基本养老保险费，基本医疗保险费和失业地区，直辖市）保险费免征个人所得税；个人应按照州或省（自治区，直辖市）规定的支付比例或方法实际缴纳的基本养老保险费，基本医疗保险费和失业保险费计入应纳税所得额个人根据“扣减额”，可以在计算个人税额之前扣除在社会保障中心个人缴纳的社会保险费。
希望对您有所帮助。如果您可以提供详细信息，则可以给出更彻底的答案。
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