如果不缴纳五险一金，则仅扣除2000元。您的单位以这种方式扣除税款是正确的。
依据是法律法规是《中华人民共和国个人所得税法》及其实施法规。
应交税费=（薪金和工资收入-“五险一金”-扣除额）×适用税率-快速计算扣除额
4000-144-44-18-200 = 3594元
3594-3500（减税基数）= 94元
94 * 3％= 2.82元
应缴个人所得税2.82元
应税收入=月薪和薪金收入-社会保险费，住房公积金
应付个人所得税=（应税所得扣除标准）*适用税率快速计算扣除
扣除标准为1600元/月（从2008年3月1日起增加为2000元）如果
不超过500元，则税率为5％，快速计算扣除额为0；
500元至2000元之间的部分税率为10％，快速计算扣除额为25
超过2000元至5000元的部分，税率为15％，快速计算扣除额为125
目前，中国的起征点为人民币2,000元。
已付的税款应从个人的社会保险费和住房公积金中扣除。
公式：（薪金所得总额-应缴纳个人所得税阈值的社会保险“五险一金”的一部分）*适用税率-速算扣除额=应缴个人所得税
示例：工资总收入为3500元。个人缴纳“五险一金”，养老保险金280元，失业保险金7元，医疗保险73元，住房公积金420元，合计780元。
（3500一780一2000）* 10％一25 = 47元
应交个人所得税47元，税后工资：2673元