自2009年1月1日起，国家税务总局调整了2009年以后新增公司的所得税征收和管理范围。从2009年开始，在新增的企业所得税纳税人中，企业所得税由国家税务局对增值税企业进行管理；营业税的企业所得税由地方税务局管理。通知明确指出，以2008年为基准年，在2008年底之前，国税局和地方税务局管理的企业所得税纳税人将不作调整。
-国家税务总局关于调整新企业所得税征收管理范围的通知
国税发[2008] 120号
生产和加工企业按地方税缴纳所得税是正常的。
1.如果通过审核收集，则根据应纳税所得额（税后利润）计算。本年度的损失无需缴纳企业所得税，可以在未来五年之前弥补。
2.如果应税收入税率是按批准的税率征收的，则应税收入额是将应税收入率乘以营业收入得出的，然后按该税率征收企业所得税。此方法不考虑是否造成损失，并且在以后的几年中不允许进行税前补偿。
新的所得税法规定法定税率为25％。内资企业与外资企业相同。国家需要15％的高科技企业，20％的小型和营利性企业以及20％的非居民企业。
应付企业所得税=当期应纳税所得额*适用税率
从获得项目第一笔生产经营收入的纳税年度起，第一年至第三年免征有机肥料生产企业的企业所得税，从第四年减半。至第六年（三项豁免和三项切一半）。
的具体法律依据：
《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条第三款规定：符合条件的从事环境保护，节能节水等项目的企业所得，可以免征或者减少企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法实施条例》
第88条规定：《企业所得税法》第27条第3款提及的合格的环境保护，节能节水项目，包括公共污水处理，公共垃圾处理以及沼气的综合开发利用，节能减排技术改造，海水淡化等项目的具体条件和范围，由国务院财税主管部门会同国务院有关部门制定，并报国务院批准后予以公告和实施。从事前款规定的环境保护，节能节水项目的企业，其收入的第一年至第三年，第四年至第四年免征企业所得税。将企业所得税减免六年（三项减免，三减半）。
《实施条例》第89条规定：如果依照本条例第88条的规定享受减税和免税的物品在减税或免税期内转让，则受让人可以自转让之日起保留剩余的权利。在平衡中在规定期限内享受规定的减免税；减免期届满后转让完成的，承让人不得重复享受该项目的减免。
有关生物有机肥料行业的国家最新政策。有机肥设备，有机肥生产线，有机肥制粒机，有机肥生产设备。早在十年前，就在国家一级启动了以增加土壤有机质为重点的“肥沃土壤项目”。从那时起，有机肥就越来越受到党中央的重视，成为“十一五”扶持的化肥品种之一。最近几年，“中央一号”文件多次提出“鼓励农民多施有机肥”。
但是，目前国家/地区没有对有机肥料的补贴，但化肥行业享有能源价格，用电和铁路运输等优惠政策。有机肥料已被拒绝（从2006年开始，有机肥料免征增值税）），有机肥料的运输价格是化学肥料的两倍，只有部分省市对有机肥料进行了补贴。
最早进行有机肥料补贴的是上海，有机肥料设备，有机肥料生产线，有机肥料制粒机，有机肥料生产设备。从2004年试点试点购买15,000吨有机肥开始，推广数量逐年增加，2009年达到16万吨。2004-2008年有机肥市场价格为400元/吨，本市“财政补助标准为250元/吨。县（区）增加50-100元/吨的补贴，有关乡镇将在此基础上予以补贴。 2009-2011年补贴额为200元/吨。江苏省从2006年开始补贴，每吨省补贴150元，市财政补贴50元。北京从2007年开始实施补贴政策，每吨补贴250元，山东的有机肥补贴从2008年开始，每吨补贴300元。北京有机肥料示范推广主要针对大型农民和专业合作社（生态农业产业基地）。由于有了补贴，他们开始大规模使用有机肥料，这反过来又驱使小农使用有机肥料。
延伸阅读：
1.增值税：《财政部国家税务总局关于免征有机肥料产品增值税的通知》（财税[2008] 56号，以下简称“通知”） “），自2008年6月1日起从开始，生产，销售，批发和零售有机肥料产品的纳税人免征增值税。组织会计按照《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令[1993] 134号）的规定和《中华人民共和国增值税实施细则》的规定分别进行。 《中华人民共和国增值税暂行条例》（财税[1993] 38号）销售化肥产品。如果未单独核算销售额，则免税。同时，应按照普通发票的规定开具免税有机肥料产品的销售，无增值税专用发票。
2.企业所得税：自2008年1月1日起，从事以下项目的企业的收入免征企业所得税：1.蔬菜，谷物，土豆，油料，豆类，棉花，大麻，糖种植材料，水果，坚果； 2.育种新品种； 3.中药材种植； （四）林木的种植和种植； （五）畜禽养殖； 6.收集林产品； 7.灌溉，农产品初加工，兽药，农业技术推广，农机运行维护等农，林，牧，渔服务项目； 8.海洋捕鱼。
3.从事下列项目的企业的收入将按企业所得税的一半征收：
（1）种植花卉，茶和其他饮料作物以及香料作物；
（2）海洋水产养殖和内陆水产养殖。