首先，逃避公司所得税的行为违反了税收征管法，应受到行政处罚。如果涉嫌违反刑法，则应根据我国刑法规定调查当事人的刑事责任。
纳税人按照发票管理办法和有关规定处理后，应根据其他法律文件（如付款凭证，存根复印件等）从所得税中扣除。例如，《发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发票丢失的，应当在损失发生之日以书面形式向税务机关报告，该报告无效。