分公司的增值税在深圳本地申报并缴纳。分公司新成立的企业所得税办事处由总行在当年收取并支付，总行于次年在深圳发行分配表。在年底，总公司向公司收取费用。具体研究文件是国家税务总局关于清理跨地区企业所得税汇总表的文件每年发行100份税务申报的税务部门的公告。国家税务总局公告2013年第44号国家税务总局关于印发《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告国家税务总局2012年第57号公告
国家税务总局关于印发《跨地区营业税缴纳企业所得税征收管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）
第三条集体纳税企业实行“统一计算，分级管理，现场预付，简易清算，财务调整”的企业所得税征收管理办法：
（1）统一计算是指总公司计算应税所得总额和应纳税额，包括所有在纳税企业中没有法人资格的分支机构。
（2）分级管理是指负责总部和分支机构所在地的税务机关负责当地机构的企业所得税管理。总公司和分支机构应由机构所在地的税务机关管理。
（3）现场预付款是指总部和分支机构应按照《办法》的规定，每月或每季度向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
（4）总体清算是指在年底之后，总公司统一计算纳税人的年度应纳税所得额和应纳税所得额，并冲抵当年分期支付的总公司和分支机构。企业所得税缴纳后，将退还更多。
（V）财政部调整是指财政部根据批准的系数，定期调整支付给中央财政部的应税法人所得税总额中要分配给地方财政部的收入。
第四条总公司和具有主要生产经营职能的二级分支机构，应当在现场共享并缴纳企业所得税。
第二级分支机构是指代收税企业依法设立并领取非法人的营业执照（注册证）的分支机构，总行直接对其财务，业务和财务进行统一核算和管理。人员。
第5条下列二级分支机构无需在现场缴纳企业所得税：
（2）如果该公司在上一年被认定为微薄盈利的公司，则其第二级分支机构不得现场缴纳公司所得税。
（3）新成立的二级分支机构在成立之年不需缴纳企业所得税。
（4）当年被撤销的二级分支机构，自税务登记取消之日起，自企业所得税的预付款期起，不得在现场分摊企业所得税。
（5）在中国境外设立的具有法人资格的二级分支机构的集体纳税企业，不得在现场缴纳企业所得税。
这个问题很难回答。具体请参见国家税务总局公告2012年第57号和财税[2012] 40号文件，国税发[2008] 28号文件。
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新成立的二级分支机构在成立之年将不缴纳企业所得税。
从第二年（而不是第二年末）开始，分支机构将需要每季度或每月（通常每季度一次）预缴公司所得税。
具体方法是，总行根据各分支机构应分摊的比例，将当期应交企业所得税的50％分配给各分支机构，并及时通知各分支机构；每个分支机构应在每个月或每个季度结束后的15天内在现场宣布预缴其评估的所得税。
当纳税企业收集并结清其帐户时，总部除了应提交企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应提交纳税人的分支机构所得税分配表和年度财务报表每个分支机构参与公司年度纳税调整的说明；除提交公司所得税的年度纳税申报表（仅列出了某些项目）外，分支机构还应提交总部所在地主管税务机关已接受的纳税企业的分支机构机构所得税分配表，分支机构的年度财务报表（或年度财务状况以及业务收入和支出），以及分支机构参与公司年度税收调整的说明。
有关分支机构参与企业年度税收调整的说明，请参阅企业所得税纳税年度申报表所附的“税收调整项目清单”中列出的项目。没有解释。
如果分支机构未能按照税收分配额预缴所得税，导致税收少缴，主管税务机关应按照《征收管理法》的有关规定予以处罚，并通知主管部门。总部所在地税务机关的处罚。
如果分支机构受到主管税务机关的检查和补偿，则第二级分支机构应将已缴所得税的50％分配给总部，其中25％应在现场支付定金，现场全额的25％存入中央国库； 50％分配给第二级分支机构以处理该地点的存款。具体纳税程序按照财税〔2012〕40号第五条和其他有关规定执行。
简而言之，这比原始规定要麻烦一些。请自己仔细阅读以上文件。