根据国家税务总局关于跨地区营业税金征收和管理企业所得税若干问题的通知国税函〔2009〕221号
以四川省为例，根据《关于印发《四川省区域总部企业所得税分配和预算管理暂行办法的通知》》，该市总部企业所得税的申报流程为：如下：
根据统一规定的原则，并考虑到总公司和分支机构以及该省的利益，属于省内总分公司和县分公司的企业应缴纳的企业所得税县市财务管理系统，实行“统一计算分级管理”，“现场预付款，简要清算和财务调整”。
总公司当前应纳税额是总公司所占份额的25％，每个分支机构（包括总公司所处位置）的总应纳税额为25％，已支付的应纳税额的25％省级分配的收入由省财政按一定比例在城市（县）和试点县（市）之间分配。
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分享范围和分享比例
根据川府发[2014] 9号文件，中央政府和地方政府共同承担的企业所得税占中央政府财政份额的60％，占地方省市的40％ ，而扩大电力的试点县（市）为35个。：比率为65，并且该省不参与三个州和内陆民族自治县（包括民族待遇县）（以下简称“民族地区”）的公司所得税共享。
参考资料：百度百科全书-四川省跨地区总公司企业所得税分配与预算公告
经税务局批准，所有在异地设有分支机构的企业均可在总公司进行所得税结算
相关规定如下
总公司和分支机构应分别在几个月或季度内向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。在缴纳所得税额之后，在当年本地分期预算中扣除总公司和分支机构缴纳的企业所得税后，将获得更多的退税。
国家税务总局关于规范企业所得税合并和合并的通知
Guo Shui Han [2006] 48号
省，自治区，中央直辖市以及计划分立的城市的国家税务局和地方税务局：
1.严格执行税收征管的有关规定。根据现行规定，集体缴纳企业所得税必须经国家税务总局批准。各级税务机关必须严格执行税收征管的有关规定，不得超过其权限。超过审查和批准总纳税额或扩大总纳税额范围的人员，必须予以纠正。
其次，下列企业可以按照规定申请税收：
（1）国务院确定的120个大型试点企业集团；
（2）经国务院批准实施试点企业集团政策和累计纳税政策的企业集团；
（3）《中华人民共和国企业所得税暂行规定》及其实施细则，适用于铁路运营，民航运输，邮政，电信企业和金融保险公司（包括证券和其他非银行业务）金融机构）
（4）进行文化体制改革的试点企业集团；
（5）对纳税企业进行改制改造后的集团化生存企业进行总结。
3.非独立会计分支机构应按照《中华人民共和国企业所得税暂行条例》及其实施细则的有关规定，在会计地点统一缴纳税款。会计地点发生争议的，应当根据情况处理：
（1）如果总部都在一个省内，则省税务机关应指定纳税申报单的位置；
（2）如果分支机构跨省市，国家税务总局应指定纳税申报单的位置。