如果总部已经在总部的主管税务机关签发了停业证明，则企业所得税应在总部缴纳，否则应在当地税务机关缴纳。
新设立的分支机构不收取企业所得税，由总公司代收。从明年起，总公司将在分支机构所在地提前分配企业所得税。
国税发〔2008〕28号
征税企业所得税知识收集管理暂行办法
第十三条新成立的分支机构不得在成立之年预缴地方所得税。
新成立的分支机构不预付公司所得税，但不预付并不表示不进行备案，或仍需要申报预付的公司所得税支付能力申报表，而仅报告零申报，财务报表和其他信息必须如实填写所有内容。
关于二级分支机构的确定。《国家税务总局关于跨地区营业税金征收和管理企业所得税若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）规定，二级分支机构由总行统一归总公司所有。财务，业务和人员会计并管理了为非法人获得营业执照的分支机构。
总公司应立即向总公司所在地的主管税务机关报告其支行清单，并及时向其支行签发有效证书（证明材料包括总行“拨款证明和总分机构协议或合同，公司章程，管理系统等）。
第二级分支机构应在税务登记期间向当地主管税务机关提交非公司法人的营业执照（复印件）和总公司出具的第二级分支机构的有效证书。地方税务主管部门应当对二级分支机构进行审查和评估，并敦促它们及时预缴企业所得税。
以总公司名义进行生产和运营且无法提供有效证据证明其二级或以下二级机构地位的非法人分支机构应视为独立纳税人，并按以下方式计算和缴纳企业所得税： -现场。《国家税务总局关于印发〈跨地区营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法〉的有关规定》（国税发〔2008〕28号）。
根据上述规定，2010年新成立的跨省第二级分支机构不在现场预缴企业所得税。二级分支机构在纳税登记时，应当向当地主管税务机关提交非法人的营业执照（复印件）和总公司出具的二级分支机构的有效证明。总部根据国税发〔2008〕28号第33条的规定，“总部应当提供其所有二级分支机构（包括无参与预付费分支机构）和第二级主管税务机关的信息。级分支机构。公司的邮政编码和地址应报告给主管税务机关备案。 ”