只有当主管卫生部门将其确认为非营利性医疗机构时，才可以免除公司所得税。营利性医疗机构可从认证之日起3年内免征企业所得税。
医疗卫生机构的税收优惠政策分为三个部分：
（1）非营利性医疗机构的税收政策：非营利性医疗机构以国家规定的价格获得的医疗服务收入免征营业税。未按国家规定的价格获得的医疗服务收入，不享受本政策。
（2）营利性医疗机构的税收政策：对于营利性医疗机构直接获得的用于改善医疗条件的收入，应自获得执业资格之日起3年内，经审核并获得批准主管税务机关免征营业税。
（3）疾病控制机构和母婴保健机构等卫生机构的税收政策：疾病控制机构和母婴保健机构等卫生机构应按国家规定的价格取得卫生服务收入。免征营业税。
财政部，国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知（财税[2000] 42号）：
2.营利性医疗机构的税收政策（1）营利性医疗机构所获得的收入应按规定征收各种税款。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税三年免税期届满后，将恢复税收。（二）将盈利性医疗机构的药店分为独立的药品零售企业的，应当按规定征收各种税费。根据上述规定，营利性医疗机构必须缴纳企业所得税。