甲公司仅在合并时支付应缴纳的企业所得税。
根据国家税务总局《关于印发〈跨地区经营企业所得税征收管理办法〉的公告》（2012年第57号）第五条，新设立的二级分支机构不予缴纳。成立年份的地方所得税。在第一年，它的公司所得税是在总部宣布并缴纳的。