《跨地区企业所得税征收统一税收管理暂行办法》第十六条：总行，分行位于税率不同的地区，总行应首先统一计算所有应纳税所得额。方式，然后按照第十九种方法第三条规定的比例和第二十三条规定的三个因素及其权重，在计算出不同税率的地区性机构的应纳税所得额后，根据总部和分公司的适用税率计算应纳税额
您提到的多付税款，原则上，税务机关不会退还税款，而是形成可抵扣的税收抵免。