一，部分试点企业的税收负担没有减少而是增加了
对于资本有机构成较高的公司，由于所购商品中包含大量增值税，因此可以获得更多的抵扣，税负也将进一步减少；资本有机构成较低，人工成本较高。对企业而言，进项税额扣除额较少，税收负担减少。但是服务业的最大优势在于其人力资本密集型特征。不能扣除劳务成本，这将增加一些现代服务业的负担，例如文化创意，认证咨询，运输等行业。
2.定义一般纳税人的标准太高
定义一般纳税人的标准是销售，即应税服务的年增值税销售额是否超过500万元；其次，会计核算是否合理。截至2007年6月，我国中小企业数量已超过4200万，占全国企业总数的99.8％。其中，工商部门注册的中小企业数量为460万。其中，第三产业分布的中小企业单位274.9万，占全部中小企业单位的59.76％。服务业和运输业中的中小企业占主导地位。根据试点方案的标准，绝大多数试点企业被归为小规模纳税人。在上海市已确认的128600家试点企业中，一般纳税人40500家，占31.5％；小规模纳税人8.81万户，占68.5％。
分类标准过高将产生三个不利影响：首先，增值税抵扣将不完全。将近70％的试点企业被排除在增值税抵扣链之外，并且未按照增值税征税原则征税。增值税抵扣链中断的区域太大，影响了增值税征税机制的正常运行，要有效发挥其积极作用，在一定程度上实施增值税将毫无意义。二是阻止普通纳税人与小规模纳税人之间的正常往来。一般纳税人不愿购买小规模纳税人的商品和服务或降低价格，这严重制约了小规模纳税人的业务扩展和企业发展，最终阻碍了服务业和运输业的发展。第三是给逃税者和逃税者一个利用它的机会，导致大量的税收损失。在经济活动中，小规模纳税人通常不积极要求对方开具增值税专用发票，这可能会导致一般纳税人开具增值税专用发票所反映的销售扭曲，增加逃税和增值税纳税人逃税。空间。
必须对此进行分析，以从该角度来看营业税是可以从所得税中扣除的增值税。
从上海试点项目的角度来看，营地改革和发展既是企业的机遇，也是挑战。一方面，增加阵营改革可以克服双重征税的弊端，可以减轻大多数企业的税收负担；特别是对8.8万名小规模纳税人而言，从原来的5％的税率到目前的营业税调整，占了企业总数的近70％。增值税按3％的税率缴纳，最初承担较重税收负担的小型和微型企业已成为这项改革的最大受益者。
在经济下行压力越来越大的背景下，阵营改革有效地支持和促进了小型和微型企业的健康发展。另一方面，在试行期开始时，由于生产周期，成本结构和其他原因，一些公司的进项税将减少。此外，试点范围有限，无法从非试点地区获得增值税专用发票，因此税收负担将会增加。
随着营地改革的增加，运输业的税收负担也增加了。一方面，税改前的运输适用3％的营业税，税改后为11％的增值税。进项税后的税负仍在扣除它已经得到改进；另一方面，运输业受实际经营的影响，很难取得增值税专用发票，这也增加了其税收负担。
II。从营业税中获得的发票扣除为增值税
普通纳税人：可以扣除付给非飞行员纳税人的发票（营业税收据）吗？不可以，但是如果您是免税企业，则可以将非试点纳税人获得的营业税收入用作差额减税。
一般纳税人提供应税服务，在试行期内，根据有关将营业税改成增值税的相关规定，可以从销售中扣除支付给非试点纳税人的价格，在“应付税款应为增加值“税收改革”列添加到“税收改革”销项税列中，以记录由于销售扣除而导致的公司销项税减少；同时“主营业务收入”，“主营业务成本和其他相关主题应根据业务运营的类型进行详细说明。
接受应税服务时，允许企业根据规定扣除销售并减少销项税，借方记为“应交税额-应交增值税（增值税改建抵销的税额）”。根据实际已付或应付金额与上述增值税之间的差额开立账户，借记“主要经营成本”等科目，并根据以下项目贷记“银行存款”，“应付账款”等科目实际支付或应付的金额。
对于期末进行一次性帐户处理的企业，应在期末扣除根据当期规定可以减价销售的营业税额，从中扣除“应交税费-应交增值税（增值税改减少销项税科目”，贷记“主营业务成本”等科目。
小规模纳税人：能否扣除获得的纳税人的发票？小额纳税人不扣税，实行简化的税率计算方法，适用3％的征收率进行税率计算，不能扣除进项税。可以扣除
取得的非飞行员纳税人的发票吗？不可抵扣，但对于实施差异性纳税的企业，可以将非试点纳税人获得的票数用于差异性税收的扣除。
小型纳税人提供应税服务。在试点期间，根据有关将营业税改为增值税的有关规定，可以从销售中扣除付给非试点纳税人的价格，并应按规定减少可抵扣销售额。增值税应直接抵销“应交增值税”科目。