在试点改革中如何确定非居民企业的税基以及增加非居民企业所得税，增值税和附加税的计算范围的问题。
示例：1：非居民企业和一家国内公司签订了特许权使用费合同（假设该合同需要在业务改革前以当地税金缴纳营业税），合同价格为100元，（合同规定所有税款均由非居民支付居民企业），如何计算公司所得税和增值税及附加税的预提税（假设适用的增值税率为6％，而地方附加税为10％）？分析：增值税是一种额外价格税。计算非居民企业所得税的预提基础是应计为不含增值税的收入的含税金额。预扣增值税= 100 /（1 + 6％）* 6％=94.34×6％= 5.66元人民币的预扣企业所得税= 94.34×10％= 9.43元人民币的预扣附加税费= 5.66×10％= 0.57元应支付给非居民企业的实际税后价格= 100-5.66-9.43-0.57 = 84.34元。
税务机关应根据纳税人的具体情况，核定批准开征企业所得税的纳税人的应税所得率或应纳税所得额。
如果采用应税所得税率来验证公司所得税的征收情况，则应纳税所得额的计算公式如下：
应付所得税=应纳税所得额×适用税率
应税收入=应税收入×应税收入率
或：应税收入=成本（费用）支出÷（1-应税收入率）×应税收入率
税务机关向纳税人征收企业所得税。对于纳税人，这意味着将收入乘以“补贴率”。如果确定某个本地行业的应税收入率为10％，则相当于2.5％的“附加费率”。因此，无论是税务机关还是纳税人，只要为批准收取企业所得税的企业正确确定应纳税所得额，就不会有问题。
关于获准征收企业所得税的企业收入的确定，《企业所得税法实施条例》第12至25条非常详尽，在此不再赘述。但是，应该指出的是，如果股权投资收入虽然是总收入的组成部分，但它是“免税收入”，则应扣除；如果获得财政资金，首先，按照国家财政总局财政部的专项《关于处理财政资金公司所得税的通知》（财税﹝2011）70）文件认为，如果符合文件规定的条件，则视为“免税收入”应予以扣除。如果不满足条件，则为应纳税所得额。
一些已获准征收企业所得税的公司正在接受“重组改革”。小规模纳税人在缴纳增值税时，按3％的税率缴纳增值税。计算方法为销售额=含税销售额÷（1 +征收率）这时，产生的增值税不再包含在收入中。因此，增值税应不包括在批准的公司所得税的收入计算中。
此外，对于月收入低于20,000元的小微企业，免征增值税。 《财政部关于小微企业免征增值税和营业税的会计规定》（财会[2013] 24号）规定：微型企业在取得销售收入时，应当按照税法的规定计算应纳税额，并确认为应纳税额。到达《财政部和国家税务总局关于部分小微企业暂时免征增值税和营业税的通知》后“（财税[2013] 52号）规定了免征增值税的条件，应缴纳的有关增值税应转入当期营业外收入。批准征收企业所得税的收入，应在该部分营业外收入中包括增值税。可以确定为不符合条件的“补贴收入”或“财政资金”。
征收企业所得税的企业在处置固定资产时具有“处置收入”和“净收入”确认的应税收入。 《企业所得税法实施条例》第十六条规定，“财产转让所得”是指固定资产，生物资产，无形资产，权益和债务等资产转让的收入。从这个角度来看，如果企业被批准征收企业所得税，则处置固定资产，应当以处置收入作为应纳税所得额。