通常不会损失的原材料进项税额不得扣除。进项税额应转出。损失金额计入营业外支出，不影响生产成本。
应付税款-应付增值税（转出的进项税额）5100
如果发生存货和异常损失，则需要转出与已抵扣进项税额相抵的进项税额；所得税，按照资产损失的有关规定，在结清并缴纳所得税时，作专门的申报（账户损失金额+进项税额转移补偿收入），并准备相关材料以供参考（原始材料收据，制成品的人工成本构成，损失补偿说明，公司内部损失确认会议纪要，批准程序等）。
增值税，用于弥补异常损失
现行《增值税暂行条例》及其实施细则的颁布和实施，对企业异常损失的税收和会计处理方式带来了新的变化。帐户处理：
[情况1]一家公司是一般增值税纳税人，适用的增值税率为17％。一个月月底，在库存检查中发现库存原料短缺5000元。由于仓库管理员管理不善，在公司领导指示下，仓库管理员应赔偿500元。
原材料异常损失所涉及的进项税额= 5000×17％= 850（元），进项税额不得转出。根据《企业会计准则》，存货损失的存货，扣除负责人的赔偿后，净损失计入管理费用。
会计分录如下：
借款：待定财产损益---待定流动资产损益5000
贷款：5,000种原材料
借：4 500行政费
其他应收款-Li 500
贷款：未决财产损益---未决流动资产损益5 000
如果公司的上述原材料短缺包括500元的共同运输费用，则调查是由于盗窃造成的，保险公司赔偿1000元。此时，应将与损失的原材料相对应的进项税（包括与运费部分相对应的进项税）转出，并与原材料损失的成本一起计入“管理费用”。
涉及原材料异常损失的进项税包括两个部分：
原材料价格的进项税=（5,000-500）×17％= 765（元）；
运输成本投入500÷（1-7％）×7％= 37.63（元）；
待结转的进项税为765 + 37.63 = 802.63（元）。
根据上述规定，会计分录如下：
借款：未决财产损益---未决流动资产损益5 302.63
贷款：原材料4 500
应付税款-应付增值税（转入的进项税额）802.63
借款：行政费用4 302.63
其他应收款保险公司1 000
贷款：未决财产损益---未决流动资产损益5 302.63
数据扩展
税法对正常和异常损失的定义最初是模糊且笼统的，有时在实践中很难掌握。为了便于操作，2009年1月1日，《增值税暂行条例》对正常损失和异常损失进行了新的修订。所谓正常损失，是指企业在生产经营过程中发生的合理且不可避免的损失。
例如：由于温度和干燥湿度的变化而造成的散装货物自然损失；商业零售企业错误率内的短段落；生产过程中一定数量内的工业企业原材料，产成品损失；由于市场原因等导致的存货跌价损失
所谓的异常损失是指正常损失以外的损失。 《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，非正常损失仅是指因盗窃，损失，变质造成管理不善而造成的损失。取消了自然灾害损失和其他异常损失。这种对异常损失的准确监管是向前迈出的一大步，这极大地便利了纳税人和收税人，并充分体现了税务机关人道执法的理念。