是的，具有不同法人资格的公司应分别缴纳企业所得税，除非总公司只有经税务局批准才能共同缴纳
首先，为了更正您的陈述，总行总付款，而不是合并结算和付款，两者是不同的；总公司按照“统一核算，分级管理，现场缴税”实行“预付款，简易清算和财务调整”的原则。以前，有些分支机构是集体征税的，有些分支机构则是自行申报和缴纳的，其形式不统一。
对于非独立会计分支机构，则需缴纳企业所得税。一般来说，总公司的企业所得税是单独缴纳的。
您可以参考中华人民共和国国家行政总局2012年第57号公告的有关规定，但北京某些区县的实施标准有所不同。向总部的税务部门申请分支机构时，请咨询您的办公室并遵循要求。。
国家税务总局关于发布《跨区域营业税金征收企业所得税管理办法》的公告（国家税务总局公告2012年第57号）：第三条征收集体税企业实行“统一计算，“分类管理，现场预付款，简易清算以及企业所得税征收管理的财政调整管理方法：
（1）统一计算是指总公司计算应税所得总额和应纳税额，包括所有在纳税企业中没有法人资格的分支机构。
（2）分级管理是指负责总部和分支机构所在地的税务机关负责当地机构的企业所得税管理。总公司和分支机构应由机构所在地的税务机关管理。
（3）现场预付款是指总部和分支机构应按照《办法》的规定，每月或每季度向当地主管税务机关申报公司所得税的预付款。
（4）总体清算是指在年底之后，总公司统一计算纳税人的年度应纳税所得额和应纳税所得额，并冲抵当年分期支付的总公司和分支机构。企业所得税缴纳后，将退还更多。
答：《国家税务总局关于印发〈跨区域营业税征收企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第二条规定居民企业在中国是跨地区的，自治区，直辖市和有不同计划的城市，以下同样适用，设立不具有法人资格的分支机构，居民企业为跨地区合并纳税人（以下简称合并纳税人）；除非另有说明，否则其企业所得税的征收和管理此方法适用。
第5条规定，以下二级分支机构不得现场缴纳企业所得税：
（3）新成立的二级分支机构在成立之年不需缴纳企业所得税。
（5）在中国境外设立的具有法人资格的二级分支机构的集体纳税企业，不得现场缴纳企业所得税。
第6条规定，由纳税人按照《企业所得税法》的规定收取的企业所得税，包括预缴税款和应退税款的清算，其中50％分支机构各分公司应按评定的税额当场付款或退还仓库；总公司应分担和支付50％，其中25％应在本地支付或退还，而25％应全额支付给中央国库或退回。具体纳税或退税程序，按照财税〔2012〕40号第五条和其他有关规定执行。
第15条规定，总部应根据营业收入，员工薪酬和上一年度分支机构的总资产这三个因素来计算各分支机构分配的所得税的比例；3.员工薪酬和总资产计入二级分支机构；三个因子的权重依次为0.35、0.35和0.30。
的计算公式如下：分支机构的分配比率=（分支机构的营业收入/每个分支机构的营业收入之和）×0.35 +（分支机构雇员的薪水/总额）每个分支机构的员工工资的总和）×0.35 +（分支机构总资产/分支机构总资产）×0.30
按照上述方法确定分支机构的分配比例后，除本办法第5条第4款，第16条第2款和第3条外，该年不得进行任何调整。
第18条规定，根据税法，法规和其他规定，总公司和分支机构位于税率不同的地区，总公司应首先统一计算所有应纳税所得额，然后再计算遵守本办法第六条根据第十五条计算的规定比率和评估比率用于计算不同税率的地区性机构的应税收入，然后根据其各自适用的税率计算应纳税额并累加起来得出应税收入总额应税企业。最后，应按第六条规定的比例和按照第十五条计算的分摊比例，将在当地缴纳的企业所得税分配给总部和分支机构。