根据国税函2009年第3期
3.关于扣除员工福利
《实施条例》第四十条规定的企业雇员福利费包括：
（1）尚未执行单独社会职能的企业，其福利部门需要承担设备，设施和人员成本，包括员工食堂，员工浴室，美发室，医疗室，托儿所，疗养院等该部门的设备，设施和维护成本，以及福利部门员工的工资，社会保险费，住房公积金和人工成本。
（2）为员工的医疗保健，生活，住房，交通等提供的各种补贴和非金钱利益，包括企业为从国外出差给员工的医疗费用以及为员工支付的医疗费用。尚未实施医疗统筹的员工1.医疗补助，取暖补助，防暑降温补助，职工艰苦补助，救助补助，职工食堂费补助，职工交通补助等。
（3）根据其他规定产生的其他员工福利支出，包括fun葬补贴，退休金，安置费，家庭旅行支出等。
因此，所发放的运输补贴应记为员工福利费，可以在员工应付工资的14％之内扣除，超出部分应缴纳企业所得税。
个人意见仅供参考
《国家税务总局关于印发〈税收特别调整实施办法（试行）〉的通知》（国税发〔2009〕2号）第九条规定，《所得税法实施条例》第一百零九条和税收管理第五实施细则第十一条提到的“关联关系”，主要是指企业与其他企业，组织或者个人具有下列关系之一：
（1）一方直接或间接持有另一方25％以上的股份，或者双方直接或间接持有第三方25％以上的股份。如果一方通过中间人间接持有另一方的股份，只要一方持有中间人股份的25％以上，则该一方相对于另一方的股份比例是根据中间人的股份比例计算的。
（2）一方与另一方之间的贷款资金（独立金融机构除外）占一方实收资本的50％以上，或占贷款总额的10％以上一方的担保由另一方担保（独立金融机构除外）。
（3）一方的一半以上的高级管理人员（包括董事会成员和经理）或至少一位可以控制董事会的高级董事会成员由另一方任命，或者一半以上的高级管理人员由另一方任命。双方的高级管理人员（包括董事会成员）经理或至少一位可以控制董事会的高级董事会成员也由第三方任命。
（4）一方的一半以上的高级管理人员（包括董事会成员和经理）充当另一方的高级管理人员（包括董事会成员和经理），或者至少一名高级董事会成员可以控制板子担任另一方董事会的高级成员。
（5）一方的生产和经营活动必须由另一方提供的工业产权，专有技术和其他优惠来让步，以便正常进行。
（6）一方的购买或销售活动主要由另一方控制。
（7）一方接受或提供劳力主要受另一方控制。
（8）一方对另一方的生产，运营或交易具有实质控制权，或者双方具有彼此相关的其他相关权益，包括尽管本条第（1）项的持股比例未达到文章一党的主要股东享有基本相同的经济利益，以及家庭和亲属关系。
因此，企业与雇员之间不存在上述关系，企业所得税不适用调整政策，企业无需调整企业所得税应纳税所得额。股东符合上述关联条件的，税务机关有权调整股东个人所得税和股东企业所得税。
财政部，国家税务总局关于特殊用途金融基金企业所得税处理有关问题的通知（财税[2011] 70号）：
根据《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》的有关规定（国务院令第512号，以下简称“简称《实施条例》，经国务院批准，特别关于使用财政资金处理企业所得税的通知如下：
企业从县级以上县人民政府财政部门和其他部门取得的财政资金，在下列情况下，应视为非应税收入：在同一时间见面。应纳税所得额的计算从总收入中扣除：
（1）企业可以提供用于特定目的的资金支付文件；
（2）分配资金的财务部门或其他政府部门对资金有特殊的资金管理方法或特定的管理要求。
（3）企业应分别核算资金和资金产生的支出。
扩展配置文件：
企业所得税减免政策主要包括以下内容：
1.国务院批准的高新技术产业开发区的高新技术企业减征15％的税率；新成立的高新技术企业自生产之日起两年内免征所得税。
2.对于在出生前，出生中和出生后为农业生产服务的农村产业，即农村农业技术推广站，植物保护站，水管理站，林业站，畜牧兽医站和水生站。活力站，气象站以及农民的专业技术协会和专业合作社提供的技术服务或劳务收入。
3，城镇其他机构从技术服务或劳工服务获得的收入暂时免征所得税；将技术成果，技术培训和技术咨询转让给服务于各个行业的科研单位和大学。
4.技术服务的收入和从技术服务获得的技术服务的收入暂时免征所得税；自开业之日起从事咨询，信息和技术服务的新独立会计的企业或经营单位，免征所得税2年；新建从事交通运输，邮电通讯业的独立核算企业或经营单位。
5.从开放之日起，第一年免征所得税，第二年减半征收所得税；仓储，居民服务，餐饮，教育和文化事业。卫生事业中的企业或者经营单位，自营业开始后，可以向主管税务机关报告，可以减免两年所得税。