根据合同总金额减去分包金额
不可以，公司所得税不在本地支付，也不在预扣的范围之内。个人所得税不是企业承担的税，而是个人雇员承担的税，不属于您的协议范围。
国税函[2010] 156号《关于跨区域建筑企业所得税征收管理有关问题的通知》第三，由建筑企业总部直接管理的跨区域项目部门，按建筑面积的0.2％缴纳。项目实际营业收入总公司每季度将公司所得税预分配给项目所在地，而项目部门则预付给负责该地点的地方税务机关。