您好，您可以分别计算两家公司的税款预提额，然后在年底结算，也可以由一家公司合并并报告，或由员工自己进行合并声明。
代扣代缴人按照以下方式缴纳工资，薪金，劳动报酬，稿酬，特许权使用费和代扣代缴个人所得税，并将“代扣代缴个人所得税申报表”提交主管税务机关表”。如果年度预扣税额与年度应纳税额不一致，则居民个人应于次年3月1日至次年6月30日与主管税务机关进行年度综合结算和结清。
（1）扣缴义务人向居民个人支付工资时，应按照累计扣缴法计算扣缴税款，并每月向所有雇员申请全部扣缴声明。具体计算公式如下：
本期预扣的预提税=（累计预扣应纳税所得额×预扣税率-快速计算扣除额）-累计扣减额-累计预扣代缴税额
累计预扣和预扣应税收入=累计收入-累计免税收入-累计扣除额-累计特殊扣除额-累计特殊附加扣除额-依法确定的其他累计扣除额
其中：累计扣减金额为5,000元/月乘以本月纳税人在该单位工作的月数。
在上式中，居民个人工资薪金的预扣税率和预扣税的快速计算扣除额应按照“个人所得税预扣税率表1”进行计算。
（2）扣缴义务人向每个居民支付劳动报酬，稿酬和特许权使用费的收入，并每月或每月预扣个人所得税。具体的预扣和预付款方法如下：
劳务报酬，手稿报酬和特许权使用费所得的收入是扣除费用后的收入。其中，从手稿中获得的收入减少量估计为70％。扣除：劳务报酬，稿酬和特许权使用费所得的每次收入不超过4000元的，扣除费用为800元；每次收入超过4000元的，扣除费用按20％计算。
应税收入：劳务收入，手稿收入和特许权使用费收入，每个收入金额均为预扣应税收入。劳务收入的超额累进扣缴比例为20％至40％，稿件酬金和特许权使用费的收入按比例扣缴比例为20％。
来自劳动报酬的预提税预提收入=预提预提应税收入×预提税率-快速计算扣除
付款收入，特许权使用费收入应预扣预提税=预扣预提应税收入×20％
非居民个人的扣缴方式
扣缴义务人应向非居民个人支付工资，薪金，劳动报酬，手稿报酬和特许权使用费，并按月或按月预扣个人所得税，具体如下：
非居民个人的工资收入，是应纳税所得额，是根据月收入余额减去费用5,000元得出的；劳务报酬，手稿报酬，特许权使用费所得收入，以及各项收入该金额为应纳税所得额，并使用每月转换的非居民个人的每月税率表来计算应纳税额。其中，劳务报酬，稿酬和特许权使用费所得收入是扣除所得的20％后的收入。薪酬收入减少70％。
非居民个人工资，薪金收入，劳务收入，手稿收入，特许权使用费收入应纳税额=应纳税所得额×税率快速计算扣除额