个人所得税的实际税负是赚取收入的个人，而不是企业，因此，医疗机构缴纳个人所得税是不准确的。为了方便征收和管理，中国目前实行企业代扣代缴个人所得税的方法，即医疗机构向职工或个人支付工资和劳务时，需要扣除应纳税所得额。员工，然后集体上交地方税器官。
因此，只要医疗机构承担人事费用，就有必要代扣代缴税款。
财税[2000] 42号《财政部国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》：
营利性医疗机构的税收政策
（1）营利性医疗机构按照规定取得的所得，应征税。但是，为了支持营利性医疗机构的发展，如果营利性医疗机构获得的收入直接用于改善医疗和健康状况，则在获得医疗保险之日起三年内给予以下优惠执业注册：免征营业税；自行生产和自用的制剂免征增值税；对营利性医疗机构使用的房地产，土地，车辆和船舶免征房地产税，城市土地使用税以及车辆和船舶使用税。三年免税期届满后，将恢复税收。
2.根据国家税务总局关于从事医疗服务人员个人所得税征收问题的通知，国税发[1997] 178号文件规定：
（1）。个人经相关政府部门批准以获得许可证，并以门诊部，诊所，卫生中心（室），卫生中心和医院的形式从事疾病诊断，治疗和药品销售。医疗机构取得的收入，视为个人应税收入，应按照“个体工商户的生产经营收入”的纳税项目缴纳个人所得税。