如果这是公司工作性质所必需的体检费用，则不应征收个人医疗所得税；如果是具有福利待遇性质的体检费，则应将其纳入员工的当期工资和薪金收入中，并预扣和支付其个人所得税。
保护员工的身心健康
【答案】《国家税务总局关于企业工资，薪金和职工薪酬扣除的通知》
“（国税函[2009] 3号）关于扣除员工福利费用，为员工的医疗保健，生活，住房，交通等发放的各种补贴和非货币性收益的第3条。支付给出差雇员的医疗费用，未建立医疗统筹企业的雇员的医疗费用，雇员直系亲属的医疗补贴，取暖补贴，预防中暑和雇员的降温费，雇员困难补贴，救济费用，员工食堂费用补贴，员工交通补贴等待。
对于这部分费用，应代扣代缴个人所得税。
《中华民国个人所得税法实施条例》
“（中华人民共和国国务院令第519号，2008年第519号规定：《税法》第二条所述个人收入的范围为：（1）工资性收入工资是指个人的工作。工资，薪金，奖金，年终工资增加，劳动红利，津贴，补贴和与就业或就业相关的其他收入。
第10条规定，个人收入形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。如果是实物收入，应根据所得凭证上的价格计算应纳税所得额；没有凭证或者凭证上注明的价格明显偏低的，应当参照市场价格核定应纳税所得额。如果所得是有价证券，则应根据票面价值和市场价格核定应纳税所得额。如果收入是其他形式的经济利益，应税收入应参照市场价格确定。
《国家税务总局关于企业扣除工资，薪金和职工薪酬的通知》（国税函〔2009〕3号）第三条《职工福利费扣除规定》，《企业所得税法》。发放的各种补贴和非货币性福利包括企业支付给员工的商务旅行医疗费用，未实行医疗统筹的员工医疗费用，对员工直系亲属的医疗补贴，取暖补贴，中暑和降温费对于员工，员工困难补助，救济费，职工食堂经费补助，职工交通补助等。
因此，根据上述规定，贵公司应将员工的体检费用计入福利费用中。