根据《财政部国家税务总局关于解除劳资关系个人和用人单位一次性补偿收入和免征个人所得税的通知》（财税[2001] 157号）：收入少于上一年当地雇员平均工资的三倍的一次性补偿收入（包括经济补偿，生活补贴和用人单位支付的其他补贴）免征个人所得税；根据《国家税务总局关于为终止劳动合同获得经济补偿金的个人征收个人所得税问题》（国税发第178号）的有关规定，计算个人所得税。
关于如何扣除经济补偿，您可以参考以下法律和法规。对于其他会计方法，您应该咨询税务专家。
财政部国家税务总局关于解除个人和用人单位解除劳动关系的一次性补偿收入免征个人所得税的通知
1.由于与雇主的劳资关系终止，个人获得的一次性补偿收入（包括经济补偿金，生活补贴和雇主支付的其他补贴）。两倍金额内的部分免征个人所得税；超出部分，根据《国家税务总局关于劳动者获得经济补偿金的个人征收个人所得税有关问题的通知》（国税发〔1999〕178号）的有关规定计算。征收个人所得税。
2.个人获得一次性补偿收入时，按照州和地方政府规定的比例实际支付的住房公积金，医疗保险费，基本养老保险费和失业保险费可以支付。根据其一次性补偿收入计算。扣除个人所得税。
3.企业根据国家有关法律法规宣布破产，企业雇员从破产企业获得的一次性安置费收入免征个人所得税。