年度休假工资补贴是工资的组成部分，应计入个人所得税的计算基础。当月工资总额扣除社会保险费，住房公积金等费用，并超过3500元时，应当缴纳个人所得税。法律依据：《工资总额构成规定》第4条工资总额由以下六个部分组成：（一）小时工资； （二）计件工资； （3）奖金； （四）津贴和补贴； （背部（五）加班费； （六）特殊情况下支付的工资。《个人所得税法》第一条在中国境内有住所或者没有住所，并且在中国居住满一年的个人，应当按照本法的规定，对在中国境内和境外取得的所得缴纳个人所得税。 。第六条应纳税所得额的计算：1.工资性收入，扣除支出3500元后的月收入余额为应纳税所得额。
财税字[1997] 144号文规定，对参与改革的住房公积金，医疗保险基金和养老保险基金征收个人所得税，具体如下：
企业以现金方式支付给个人的住房补贴和医疗补贴，应全部计入接受者的当期工资，工资收入应缴纳个人所得税。但是，外国人以实际报销和报销的形式获得的住房补贴，仍将按照财政部和国家税务总局公告的规定暂时免征个人所得税。关于个人所得税政策的问题（财税字[1994] 020号）。
另外：根据《北京市地方税务局关于澄清与个人所得税有关的业务政策问题的通知》，京地水阁[2002] 597号：建设部，国家计委，财政部，人民银行和国务院机构事务管理局，建设银行，中国直接管理局和北京市人民政府《关于进一步深化北京市中央和国家机关住房制度改革的实施方案》的规定，住房补贴标准为个人从单位取得的个人暂免征税所得税，超过标准的部分计入月薪以计算税额。
[税收项目]：公司对职工房屋的奖励，视为公司支付给职工的工资，按照“工资和薪金所得”项目缴纳个人所得税。
[税额计算方法]：根据全年一次性奖金的计税方法，对员工获得的上述应纳税所得额计征个人所得税。收入金额乘以12根据个人所得税法规定的税率表确定适用的税率和速算扣除额，然后根据收入总额，适用税率和速算扣除额按照税法计算税额。
如果房地产企业在不收取任何费用的情况下奖励员工的住房，则按照上述方法以市场价格计算个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第8条规定：
“税法第二条所述的个人收入的范围：（1）工资和薪金收入是指个人为就业所获得的工资，薪金，奖金，年终薪金增长和劳动股利。或就业，津贴，补贴和与任期或就业有关的其他收入。
“第10条规定：”个人收入形式包括现金，实物，有价证券和其他形式的经济利益。如果是实物收入，应根据所得凭证上的价格计算应纳税所得额；没有凭证或者凭证上注明的价格明显偏低的，应当参照市场价格核定应纳税所得额。如果所得是有价证券，则应根据票面价值和市场价格核定应纳税所得额。如果收入是其他形式的经济利益，应税收入应参照市场价格确定。”
根据上述规定，对员工进行实物奖励的企业应按照上述原则确定应纳税所得额，并将其纳入当期工资和工资性收入，并计算个人所得税。