个人所得税的计算基础是扣除社会保障后的应得工资。如果超过3500，则需要付款。
这里应得的工资是包括薪水在内的总工资
加班费加到总工资中。扣除社会保障个人缴费后的工资总额高于3500元的，应当缴纳个人所得税。剩余工资不超过3500元的，免征个人所得税。
应将税项合并在一起，并根据月薪总额计算个人所得税。奖金属于工资。
应税收入=工资收入金额-各种社会保险费-阈值（3500元）
的应税金额=应税收入x税率的快速计算扣除额
注：如果是针对外国人（包括香港，澳门和台湾）的，则起征点应设置为4800元。
加班费需要包含在个人所得税中。加班费包含在员工的总薪资中，而个人所得税是结合起来计算的。
根据《工资总额构成规定》（1989年9月30日，国务院于1990年1月1日批准，国家统计局第1号令发布），工资总额包括以下六个部分：工资;计件工资；奖金;津贴和补贴；加班和加班工资；在特殊情况下支付的工资。
2012年2月20日，国家税务总局税务服务部回答了税务咨询的热点问题，明确规定法定假日的个人加班费不是国家发放的补贴，并根据工资收入征税。
国家税务总局税务服务司告诉媒体：根据《个人所得税法实施条例》第13条，根据《个人所得税》第4条第3条发布的补贴按照国家统一税法，津贴是指政府特殊津贴，院士津贴，高级院士津贴以及国务院规定的其他免征个人所得税的补贴和津贴。因此，加班工资不属于国家统一规定的补贴和补贴，应当纳入工资薪金中，并依法征税。
扩展配置文件：
中国的个人所得税是按来源预扣以及自我声明和使用方式征收的，重点是来源预扣。
个人所得税的征收方式可以分为每月征收和年度征收。个体工商户的生产经营收入，企业和事业单位的承包和租赁收入，特定行业的工资薪金收入以及在中国境外取得的收入，应按年纳税，其他收入应课税每月征费。
个人所得税根据不同的税收项目规定了三种不同的税率：
1.综合收入（工资，薪金收入，劳务收入，手稿收入，特许权使用费收入）采用7级超额累进税率，并按月应税收入计算税额。税率根据个人每月工资和应纳税所得额划分等级。最高级别为45％，最低级别为3％，共7个级别。
2.第5级超额累进税率适用于营业收入。按年计算并按月预缴税款的个体工商户的年收入应税收入，以及企事业单位的承包和租赁经营性应税收入分为等级，最低为5％，和最高的1级是35％，共有5级。
3.比例税率。对个人利息，股息，股息收入，财产租赁收入，财产转让收入，意外收入和其他收入征收个人所得税，并按20％的比例税率征收。