如果分支机构是独立核算的，则相当于两家公司，每个公司都有自己的财务处理程序；如果分支机构不是独立核算的，则合并到总部进行帐户处理。如果税收是独立核算的，那么这两个企业就是关联公司。交纳所得税时，两家公司必须在彼此之间结算费用帐目，而兄弟俩必须清楚地核算。公允价格调整了企业的账目，从而调整了应纳税所得额。
1.企业缴纳的税款不以货币交换税。没有重复征税的事情。您的两家公司可能主要涉及增值税和所得税。增值税由您的增值部分支付。如果您的总部仅转移货物且价格固定，则您无需支付增值税。只能在分行支付增值税。所得税还取决于您公司的利润。
2.可以转移。只要有商品或服务的真实交易即可。
代表处和代理人不太清楚，但我个人认为税收类似于分支公司的税收，或者总部直接负责税收。现在分析分公司和子公司的税收计划。关于此问题，取决于具体情况。由于分公司不具有法人资格，因此不能独立核算，总公司集体缴纳所得税，但是子公司是具有独立法人资格的机构，必须独立核算并独立缴纳所得税。
设置分支机构时应考虑三个因素：
首先是分支机构的盈亏状况。当总公司有利可图且新设立的分支机构可能遭受损失时，应选择总公司模型。根据税法规定，分支机构是非独立纳税人，其损失可以由总公司的利润弥补；如果成立了子公司，并且子公司是独立纳税人，则其亏损只能由下一年实现的利润弥补，而母公司不能弥补子公司的损失，不能抵销该子公司投资的投资成本。
当总部亏损并且新成立的分支机构可能会盈利时，应选择母子公司模式；子公司无需承担母公司的损失，可以积累发展资金，母公司可以受益。资产转移到子公司，处置不良资产。
其次是享受税收优惠的情况。根据税法，当总部享受税收优惠而分支机构不享受优惠时，可以选择总部模式，这样分支机构也可以享受税收优惠。如果分支机构所在地有税收优惠政策，当分支机构开始盈利时，您可以将注册的分支机构更改为子公司，并享受当地的税收优惠政策，这将获得更好的税收结果。
再次是分支机构的利润分配形式和风险责任的问题。分支机构不具有独立的法人资格，因此不利于独立的利润分配。同时，如果分支机构有风险和相关的法律责任，则它可能涉及总公司，而子公司则没有这种担心。
实际上，当企业建立分支机构时，分支机构在成立初期面临高成本，因此损失的可能性很高，通常采用分支机构的形式。可以享受总部的盈亏效益。经过两三年的运营，当分支机构开始盈利时，该分支机构便注册为子公司，这可以减少分支机构对总部的法律影响。