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医院会计业务主要包括收入确认，社会保障和医疗保险以及药品库存管理（药品买卖价格差）。需要注意的是，其他部分与普通企业相同。
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可以实施小型企业会计标准或企业会计标准。与医疗事务和医疗有关的某些主题可以参考医院（公共）会计系统。
例如，“应收帐款”更改为“应收医疗帐款”；将“原始物料”更改为“库存物料”； “预先收到的帐户”更改为“预先收到的医疗帐户”；更改为“医疗收入”，并设置“门诊收入”和“住院收入”的详细主题；将“主要业务成本”更改为“医疗业务成本”等。
会计与企业相同。
只要缴纳税款，营利性组织和非营利性组织之间就没有区别。税种和税率相同。
1.主要税种和税率：
1.营业税，收入是税基，税率是5％，但是医疗服务收入可以免征营业税。
《中华人民共和国营业税暂行规定》第8条免征营业税：
（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；
2.附加税，主要是城市建设税（7％）；教育费附加（3％）；当地教育费附加费（2％，某些地区没有此税），税基为营业税
3.其他税种，例如印花税，按帐簿贴花的费用，普通书籍每本5元；城市土地使用税，房地产税等，每年缴纳一次。计算较复杂且数量不多。忽视。
4.所得税，25％的税率，财政拨款，捐赠收入等均为免税收入，可能不支付所得税，税基为利润，可在税前扣除。
其次，税务会计：
借：其他费用
贷款：应交营业税
应付税款-城市建筑税等。
纳税时
借：税费和营业税
贷款：银行存款
月底结转
借：今年的利润
贷款：其他费用
2.管理费中已包括印花税（医院应付的印花税无需提前提取，而直接通过“管理费用”帐户入帐）
借款：行政费用-印花税
贷款：现金等。
3.所得税也包含在“其他费用”帐户中。该条目与1相同。