完善合同并明确付款程序。在提交人代表的建筑项目合同纠纷中，总承包商和分包商同意总承包商应代扣代缴相关税费，然后在项目获准结算时从项目资金中扣除。项目批准结算后，总承包商要求分包商支付总承包商预扣代缴的税费60万元，分包商指出已符合增值税规定。必须开具特殊的增值税发票，并且已开具同等的增值税发票。但是，总承包商无法使用这些特殊发票进行扣减，而且两方也不能对此提出异议，并向法院提起诉讼。尽管双方最终接受了法院的调解，但双方还花费了大量精力和时间来处理相关税费的扣除。
此案还提醒建筑公司，在合同中，请注意清楚的税费凭证。营改增后，建筑企业应明确规定另一方应在分包合同，物资购买合同和其他合同中承担平等，合法和有效的增值税发票。同时，必须同意另一方在付款前提供相应的付款申请，购货凭证和增值税发票。
加强承包商和分支机构的管理。内部承包和分支公司的运营有利于企业业务的发展，但也给企业带来许多管理问题。营改后，许多承包商和分支机构仍然不清楚，他们盲目地认为只要能够提供相应的项目付款发票，就不可避免地导致最终解决纠纷。施工企业应当及时培训承包商和分支机构，要求承包商注意相应的增值税专用发票的收存。
选择一个有资格成为增值税纳税人的合作伙伴。在这项税收改革中，建筑公司应更加注意选择具有增值税纳税人资格的合作伙伴，并应检查其相应的扣除税率，以避免无法扣除企业增值税。加强税法培训，并进行相应的报价调整。尽管已经建立了将营业税改为增值税的制度，但地方政府尚未发布具体的实施计划。企业的相当一部分员工仍然不了解税收法律法规，例如税制改革计划以及营业税和增值税之间的区别。了解最新的税收法规并调整报价计划。