1.根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》（以下简称《条例》）和实施细则以及财政部和国家税务总局财税字（97）75号规定”关于事业单位和社会团体征收企业所得税有关问题的通知》（以下简称“通知”）的有关规定，医疗卫生机构应当按照规定申报缴纳企业所得税。但是，实际上很少征收，特别是对于非营利组织。但是，如果还有其他应税收入，例如房屋租金收入，则应缴纳所得税。
公共机构和社会组织的第二次征税，财政部和国家税务总局于1997年发布了“通知”，国家税务总局发布了“机构，社会组织和私营非企业单位”在1999年。《企业所得税征收管理办法》（以下简称《办法》），但在实际征收管理中仍然存在许多问题。我们认为，有些政策还不够完善。
（1）关于免除公司所得税。
医院的收入主要包括五项：①财政补贴收入； ②上级补助收入； ③医疗收入； ④药品收入； ⑤其他收入（包括培训收入，救护车收入，报废价格变动收入，无用收入）受限制的捐款和外国投资收入，利息收入等）。比较“通知”和“措施”，我们认为：
1，①②是免税收入。《通知》第二条第二款规定：事业单位从主管部门和上级单位获得的业务发展专项补助收入，免征企业所得税。拨款收入应免征企业所得税。
2.对第③项是否已征税存有疑问。通知第二条第三款规定：国务院和省人民政府批准的行政事业费，由省财政和规划部门共同批准的行政事业费，纳入财政预算管理或专户管理。预算外资金免征征收企业所得税。该规定具有三层含义：第一，必须是管理费；第二，必须是管理费。第二，必须是经国务院，省人民政府批准或者由省财政计划部门联合批准的收费项目；第三，费用收入必须包括在财务预算管理中或预算外资金的特别账户管理。与该法规相比，关于医疗收入的三个问题需要澄清：
（1）医疗收入是管理费还是营业收入？
（2）免税项目中是否包括省财政和“价格”部门共同批准的医疗收费项目？
（3）“办法”中的“免征企业所得税”项不包括“省财政和计划部门的联合批准”。从1999年开始，省财政和计划部门共同批准的收费项目是否免税？范围？
3.《营业税暂行条例》第8条免征营业税：（3）医院，诊所和其他医疗机构提供的医疗服务；