纳税人按照发票管理办法和有关规定处理后，应根据其他法律文件（如付款凭证，存根复印件等）从所得税中扣除。例如，《发票管理办法实施细则》第三十一条规定，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票。发票丢失的，应当在损失发生之日以书面形式向税务机关报告，该报告无效。
请参阅国家税务总局的文件，
国家税务总局
关于与逃犯（失联）企业签发的增值税专用发票的识别和处理有关的问题的公告
国家税务总局2016年第76号公告
为了进一步加强增值税专用发票的管理，有效防范税收风险，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定，确定了增值税的有关规定。逃（丢失）企业开具的增值税发票的处理公告如下：
I.逃（失）业的判决
逃亡（失去联系的）企业是指不履行其税收义务并且与税务机关的监督分开的企业。
根据税务登记管理的有关规定，税务机关仍会在现场进行调查，电话查询，税务相关事宜以及其他收集和管理方法，但对于企业和纳税人仍然没有下落。企业的相关人员，或者尽管他们可以联系企业代理会计师，纳税人等，但是不知道并且无法联系企业的实际控制人，则可以判定该企业为逃亡企业（失去联系）。
第二，逃犯（丢失链接）企业开具增值税专用发票的处理
（1）逃逸（失联）企业在经营过程中发生下列情形之一的，应将同期开具的增值税专用发票纳入增值税异常扣除凭证（以下简称“增值税专用凭证”）。作为“异常证书”）范围。
1.商业企业购买或出售的商品名称有严重偏差的；生产企业没有实际的生产加工能力，没有委托加工，或者生产能耗严重与销售状况不符，或者所购商品不能直接生产销售货物不收取佣金。
2.直接进入缺失的纳税申报表，或者通过填写增值税申报表的相关字段来逃避税务机关的审查和比较，从而做出虚假申报。
（2）如果一般增值税纳税人获得了异常的证明并且尚未宣布扣减或宣布出口退税，则暂时不允许扣减或退税；扣除额已经宣布的，先抵扣进项税额；已经对于出口退税，税务机关可以根据异常凭证所涉及的退税额，中止对企业其他批准退税的出口退税。如果没有其他退税或者退税额小于退税额，则出口企业为差异提供保证。核实后，如果符合现行的增值税进项税额抵扣或者出口退税的有关规定，企业可以继续申报扣除额，或者解除担保，继续办理出口退税。
（3）异常证书应由签发方的税务机关推送到接收者所在地的税务机关进行处理。具体操作程序应另行说明。
本公告自发布之日起生效。
特别声明。
2016年12月1日