科学技术局拨付的创新资金不计入营业外收入，但计入专项应付款创新资金；
当年度企业所得税结算后，税务部门会将这部分资金作为补贴收入计入所得税收入，并要求企业所得税。
财政部，国家税务总局关于特殊用途金融基金企业所得税处理有关问题的通知（财税[2011] 70号）
根据《中华人民共和国企业所得税法》和《中华人民共和国企业所得税法实施条例》的有关规定（国务院令第512号，以下简称“简称《实施条例》，经国务院批准，特别关于使用财政资金处理企业所得税的通知如下：
1.企业从县级以上人民政府财政部门和其他部门取得的财政资金，应当计入总收入，可以视为非应税收入。同时满足以下条件。收入金额从总收入中扣除：
（1）企业可以提供用于特定目的的资金支付文件；
（2）分配资金的财务部门或其他政府部门对资金有特殊的资金管理方法或特定的管理要求；
（3）企业应分别核算资金和资金产生的支出。
2.根据《实施条例》第二十八条的规定，上述非应税收入用于支出支出，计算应纳税所得额时不得扣除；支出形成的资产，其计算计算应纳税所得额时不能扣除折旧和摊销。
3.企业处理了符合本通知第1条规定条件的非应税金融资金后，五年之内（60个月内）未发生任何支出，也未将其退还至财务部门或其他资金在获得资金的第六年，应将政府部门的部分计入应纳税所得额；计算应纳税所得额时，应扣除应纳税所得额总额中所包含的财政资金支出。
4.本通知自2011年1月1日起实施。