分支机构应当按照《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条的规定，向营业所所在地的主管税务机关申报纳税。总公司和分支机构不在同一县（市）的，应当向各自所在地的主管税务机关报告。
经国务院财政税务部门或其授权的财政税务部门批准，总行可以集体向总行所在地的主管税务机关申报纳税。因此，如果分支机构已通过税务登记，则是独立的增值税纳税人，应分别申报和缴纳增值税。
经国务院财税部门或者国务院授权的财税主管部门批准，未办理税务登记的，总公司应当共同缴纳增值税。
扩展数据
从表面上看，总付款的实现只是税收方法的一种改变。但是，由于总付款，每个机构的损益均可以抵销彼此的所得税，这部分减少了总企业的应纳税额。税收优惠。
这种方法的优点在于，它可以真实反映企业集团的财务状况，并可以更合理地计算企业集团征收的所得税。但是，总付款使税务机关更难以管理和监视企业集团的税收，而且更有可能发生税收漏洞。