无论是私立医院还是公立医院，仅需缴纳所得税，而不缴纳增值税。
2008年以前，新《中华人民共和国企业所得税法》和《企业实施条例》实施后，民营非营利性医院免税依据是财税[2000] 42号文的规定。 《中华人民共和国所得税法》（2008年1月1日生效）地方税务部门表示，财税[2000] 42号关于所得税减免的规定将自动取消，有条件的民办非营利性医院也要缴纳所得税。
《财政部和国家税务总局关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》（财税[2000] 42号）规定：
非营利性医疗机构以国家法律和法规规定的价格获得的医疗服务收入免征各种税款。根据国家法律法规未获得的医疗服务收入可能无法享受本政策。医疗服务是指医疗机构为患者进行检查，诊断，治疗，康复和提供预防性保健，分娩和计划生育服务的服务，以及提供药品，医疗材料，救护车，病房，和与这些服务有关的食物商业。
之后，政策开始发生变化：国税发[2012] 53号文第3条规定，非营利性医疗机构按国家规定的价格获得的医疗服务收入免征各种税款（1月1日， 2008年将来，不包括公司所得税）。
总之，如果非营利性医疗机构正常合法运作，则应根据非营利性单位的准确财务收支规定确定免税资格。没有企业所得税和营业税。除非是在非营利性招牌下，否则可以通过秘密地将超出范围的收入秘密收取而征收相应的税费。