根据《企业所得税清缴管理办法》（国税发〔2009〕79号）第11条，纳税人在该纳税年度内预缴的企业所得税额少于该税额的，应付账款预付税款超过应纳税额的，由主管税务机关按照有关规定及时办理退税，或者由纳税人清算应纳税所得额后的第二年缴纳。缴纳企业所得税。
发现超额付款后，企业可以携带三份“退税申请批准书”（加盖公章），预付税的纳税证明，应纳税额和实际税额副本。纳税有关情况的信息，银行开户许可证以及负责人身份证的复印件。直接去税务厅申请退税。通常，可以在30个工作日内将多缴的税款退还至公司帐户。请向您的主管税务机关咨询具体的退税处理时间。