计算公司所得税时可以扣除土地增值税，但是计算土地税时不能扣除公司所得税
土地增值税清算时，可以扣除增值税。
《土地增值税暂行条例》计算增值税扣除项目：
（4）与房地产转让有关的税收；
土地增值税可以从企业所得税中扣除。
《企业所得税法》第8条规定，企业在计算应纳税所得额时应扣除与所得收入有关的税款。为了产生营业收入，企业必须缴纳税收，而企业实际需要支付正常支出。它们与企业产生的成本和费用具有相同的性质。它们是企业获取营业收入所承受的实际经济负担，符合税前扣除的基本原则。因此，《企业所得税法》第8条将税收，成本和费用列为支出，并在计算应纳税所得额时允许扣除。税金是指纳税人按照规定缴纳的消费税，营业税，城乡维护建设税，资源税和土地增值税，教育费附加费可以视为同一税项。
税前应扣除。
在企业的正常营业年度中，如果还款年份的应纳税所得额不足，则“以上一年度的固定比例预先支付并在今年的结算中支付的土地增值税”扣除时，应视为企业损失，不得追溯调整上一年的应纳税所得额。
特殊规定：房地产开发企业按照规定对开发项目进行土地增值税结算后，向税务机关申请注销税务登记时，如果当年结算存在亏损的解决，他们可以按照《关于房地产开发企业注销前企业所得税处理有关问题的公告》（2010年第29号）计算了项目开发前每年在注销前超额缴纳的企业所得税，并申请抵扣退税款在它所属的年份。