A公司以现金方式支付了5000万元人民币。根据《企业所得税法》第七十一条的规定：以现金支付的投资资产，按购买价款计价。因此，甲企业在交易过程中应以现金及相关税金5,000万元作为取得股权投资的应纳税费用。会计处理按照适用于企业的会计制度规定进行。
答：作为股东转让股权的企业需要缴纳企业所得税；而作为股东转让股权的个人则需要缴纳个人所得税。
股权转让的企业所得税公式为：应纳税额=（转让过程中支付的与股权相关的合理费用所产生的股权转让成本收入）* 25％的税率
股权转让的个人所得税公式为：应纳税额=（转让过程中支付的与股权相关的合理费用所产生的股权转让成本收入）*税率20％
此外，所得税的主要对象是股权转让人。股权转让的企业所得税由转让方的企业支付，但股权转让的个人所得税是受让人的扣缴义务人。
印花税：股权转让必须与股权转让合同或协议签署，并且法规规定，交易合同必须贴花印花税。
与其他税种不同，股权转让期间印花税的主要纳税人是转让人和受让人。
股权转让收入被视为股息，股息和其他股权投资收入，须缴纳企业所得税。《国家税务总局关于实施企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条“关于股权转让产生的收益的确认和计算”规定：企业股权收益的转让在转让协议中生效并且，在完成股权变更程序时，确认收入的实现。股权转让收入从取得股权发生的成本中扣除，即为股权转让收益。企业在计算股权转让收益时，不得根据股权的可能分配扣除被投资公司的未分配利润和股东的其他未分配利润。
《财政部和国家税务总局关于企业清算业务中企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009] 60号）第五条规定：清算企业股东分配的资产，其中清算企业累计未分配利润和累计盈余中，按股东比例计算的部分，确认为股利收入。扣除股息收入后剩余资产的余额超过或低于股东的投资成本在某种程度上，应将其确认为股东的投资转让损益。
《国家税务总局关于企业所得税若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第34号）第5条“投资企业退出或减少投资的税收待遇”规定：企业应从被投资企业中撤出或减少投资时，购入资产中与初始投资相当的部分，确认为投资回收；按照实收资本的比例计算出的与被投资单位的累计未分配利润和累计盈余相当的部分，确认为股息收入；其余确认为投资资产转让收入。
公司股权转移有两种类型，个人转移和公司转移。如果公司的股权转让方是个人，则必须按20％的税率缴纳个人所得税。当股权转让方是一家公司时，涉及许多相关的税费。公司将股权转让给其他公司将涉及公司所得税，印花税和契税。
根据《企业所得税法关于某些税收问题的实施的通知》第3条，关于股权转让收入的确认和计算
企业的股权转让收入在转让协议生效且股权变更程序完成时予以确认。股权转让收入从取得股权发生的成本中扣除，即为股权转让收益。企业在计算股权转让收益时，不得根据股权的可能分配扣除被投资公司的未分配利润和股东的其他未分配利润。
扩展配置文件：
有限责任公司的股东权益转让方法：
1.股东将股权转让给其他现有股东，即公司内部的股权转让；
2.股东将其股权转让给除现有股东以外的其他投资者，即公司以外的股权转让。这两种形式之间的条件和程序存在一定差异。
（1）内部股份转让：资本股东依法相互转移资本，这是股东之间的内部行为。根据公司法的有关规定，可以更改公司的章程，股东名册和出资证书可能会产生法律效力。一旦股东之间发生权利纠纷，这可以作为标准。
（2）转让股份给第三方：当股东将资本转让给股东以外的第三方时，这是在公司外部转让的行为。必须通过工商行政管理部门更改注册。
参考资料：
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国家税务总局官方网站-《关于实施企业所得税法中某些税收问题的通知》