首先，根据国家税务总局国家税务总局公告[2008] 28号《关于跨区域营业税缴纳企业所得税征收管理暂行办法的通知》具有法人资格的分支机构应缴纳所得税（具体分配请参见第28号通函）。分行根据总部的利润分配表按季度（每月）纳税。在这里，您需要确保公司确实是二级分支机构，并且总部确实有跨省的分支机构，并且您已被保留为分支机构（不会生成年度申报信息）。没有跨省的分支机构企业来执行总公司的总付款，并且分支机构不纳税（没有利润分配表）。
其次，根据国家税务总局国税函[2009] 377号《关于企业所得税核定和征收若干问题的通知》，集体纳税的企业不准予征收。
理论上，
1.受总部管理的企业无法批准收取。
2.具有跨省分支机构的总部需要按季度（每月）向每个二级分支机构分配利润分配表。
3.没有跨省分支机构的总部应合计支付，每个分支机构均不得缴税，
上方，您需要将其保留为税务局的分支机构。这与在线税收报告和三方协议无关，但是在线税收报告不会在大厅遇到人为的问题。
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（1）分支机构使用自己的优惠税收条件转移公司利润并减轻公司总体税收负担的问题尚未完全解决。在中国实施企业所得税改革的一个重要原因是利用“公司条件”限制使用优惠税率的公司转移利润以减轻总体税负。《国家税务总局关于印发〈跨地区营业税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）。原来的“分别计算应纳税所得额和应纳税额，并按适用的税率分别支付”修改为：“总公司统一计算应纳税所得额，然后按照《办法》第十九条和第二条第十三条规定的三个因素和权重，是在对具有不同税率的地区性机构的应纳税所得额进行划分之后，根据总公司和分支机构所在地适用的税率计算应纳税额。 ”这两种表达方式的本质区别在于，后者限制了使用分支机构来转移低税率地区中高税率地区的普通机构的利润，以减少企业整体税负负担的可能性。实现避税。但是，这种表达和税收计算方法尚未完全消除公司通过使用分支机构的优惠税率来避税的可能性。由于应纳税额以二级分支机构为单位计算，二级分支机构及以下一级分支机构的营业收入，职工工资和总资产均计入二级分支机构的税法。在税收优惠地区的企业及其下属的三级机构不享受优惠税率的，应纳税额将大大减少。这种税收征管的漏洞的存在，将使企业扭曲自身的组织结构，从而达到避税的目的。
（2）二级分支机构的认证标准含糊。根据有关规定，总行应于6月20日前向总行税务机关填写《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》，并下达各分支机构，然后作出第二级的判断标准。科它已成为两家税收公司关注的焦点。目前，对企业分支机构水平的判断还不够明确，没有统一的标准和监管措施，这将增加企业避税的可能性。在新税法实施的第一年确定的企业分支机构的纳税制度将在接下来的几年中对信息的真实性具有重要的参考作用。如何及时确定科学判断标准和可执行的监管措施已成为当务之急。。
（3）特殊行业的分支机构根据“三个因素”进行现场预付款是不合理的。建筑和房地产等特殊行业资产少，流动性强，周期短。许多注册为分支机构的单位实质上是在借用总部的资格并向总部支付管理费。总公司账面反映管理费收入由于地方税务机关无法对其进行监控，因此总公司将根据“三个因素”进行分配，这显然是不合理的。
（4）无法定义分支机构的法律责任。新税法将法人定义为纳税人，《税收管理法》的行政处罚规定仅适用于纳税人。处罚将缺乏相关的法律依据，等级管理，特别是二级以下分支机构的税收管理将处于尴尬境地。
（5）专营店（如专卖店和附属单位）存在“监督真空”。在实际工作中，尽管有些分支机构是非法人分支机构，但它们通常仅隶属于总公司或从总公司获得某些类型的行业资格，并向总公司支付一定的管理费。他们的管理是完全独立的。如果总公司在内部管理中不包括此类分支机构，并且根据“三个因素”分配税收时不包括此类分支机构，则此类分支机构将不受监管。
2.省际和市级分支机构实施税收征管过程中的税收征管问题
中国的企业所得税管理权和收入水平以2002年1月1日实施的所得税收入分成制度改革为基础，分为第一和第二种情况。改革前，国家税制对中央政府部门，总公司，行业协会，协会，社团，社会团体和基层企业征收所得税，金融保险企业所得税和军事国有企业所得税税收;各级国有企事业单位所得税，集体企业所得税和民营企业所得税。2002年的改革之后，在2001年12月1日之前由国家和地方税收体系征收和管理的企业所得税的原始征收和管理机构保持不变。从2002年1月1日起对新注册企业实行国家所得税制度征收企业所得税。在特殊行业之外，其他企业的中央所得税和地方所得税按比例划分，中央政府在2001年保证每个地区的实际地方所得税基数，并实行增量分配。新税法实施后，国家和地方税收来源的划分，中央和地方政府与地方政府之间实际分享公司所得税将不可避免地产生重大影响。由此产生的两套收集和管理系统以及区域利益博弈问题是不可避免的，所得税收入的归属和省级分行的征收与经营权的划分是问题的重点。
在法律实体实施总纳税额之后，由于难以明确定义原始的收款和管理权限，国家和地方税收增加了总部和分支机构税务部门之间不一致的新问题。 ，主要体现在：
（1）总公司的税务机关可能对分支机构的状况没有全面的了解，在这种情况下做出的决定将不可避免地与实际情况不一致，从而导致它们之间的矛盾关系到企业税收征管的完整性。
（2）与税务有关的事项和分支机构的收入由总部的税务机关决定。如果收入任务，管理事项和其他相关的“责任和权利”不一致，则分支机构的税务机关将失去管理权。热情。
（3）分支机构的税务机关无法预测收入。实施总公司的企业所得税分配和预算管理办法后，预付给分支机构的所得税取决于总公司。负责分支机构所在地的税务部门将无法评估收入任务，税收负担以及征收和管理的质量。当同一级别的税务机关都建立了收入任务评估系统时，它们未来的年度收入计划数字将无法预测。
（4）税务机关很难完全了解总部的状况，并且税务检查（检查）的难度也增加了。由于大多数总部的业务跨地区运作，并由不同的税务部门管理，因此总部的税务部门无法直接，全面，有效地检查（检查）其业务。法人征收税款客观上要求总公司加强税务机关之间的交流和信息共享，但是由于征税和管理信息不在平台上，因此目前很难做到。
（5）缺乏对总部状况的事先监视。总公司不忠实提供组织管理信息的，可以依照《征管法》有关“不正确提供税收信息”的有关规定予以处罚。但这只是事件发生后的一种补救和纪律措施，没有有效的方法可以在事件发生前对其进行监视。在实际操作中，应如何将企业的员工定义为调度企业提供的服务人员？在实践中，可以理解为签订劳动合同并进行协调吗？兼职工人的工资应否视为劳务费？存在一系列需要统一收集和管理机芯的问题。同时，由于难以确定员工人数的真实性，因此在扣除工资总额的14％范围内扣除员工福利费用也失去了准确计量的可能性。
3.扣除福利费用
新的会计准则将员工福利支出统一在员工薪酬中。会计法要求公司在首次执行新会计准则时将应付的福利费转入“职工补偿福利费”。上市公司可以使用余额来抵消当前的管理费用，而非上市公司则继续使用原始规定。但是，新的企业所得税法的实施条例仍然允许提取职工福利费，这与新的会计准则不一致，使企业处于亏损状态。
（3）税收优惠政策中的几个问题
1.公司所得税优惠目录尚未发布 公布了由财政部，国家税务总局和国务院有关部门制定的《企业所得税优惠目录》新的《企业所得税法实施细则》第87条，第99条，第99条，第100条。在此目录中以前，企业很难确定是否享受税收优惠，因此应照常纳税。目前，除高新技术企业认定标准外，其他税收优惠项目的实施标准尚未出台。因此，企业将无法及时享受税收优惠，这不利于公共基础设施项目的发展以及国家支持的环保，节能节水和安全生产企业。
2.有关环境保护，能源和节水项目的优惠所得税管理的问题
《新企业所得税法实施条例》第88条规定，从事规定的环境保护，节能和节水项目的企业的收入应为该纳税年度以来的第一个生产和销售税的第一年。获得营业收入从第3年到第3年免征企业所得税，从第4年到第6年减半。存在的问题如下：首先，大型企业使用环保，节能，节水的产品作为产品生产的原材料，而不是对外销售，而是减少了原材料采购量。 。他们的项目收入应如何衡量。其次，在程序上，项目首先要得到管理部门的认可，然后企业进行投资和改造，然后完成建设并获得生产和经营收入。但是，在实际工作中，许多企业先进行投资和改造，完成生产经营收入，然后去管理部门确定项目，再过年，那么享受优惠政策的时间也就成了一个明显的问题。
3.关于“开发新技术，新产品，新工艺”的标识和研发费用的范围
新税法规定，如果企业因开发新技术，新产品和新技术而产生的研发费用不是由无形资产构成的，则应计入当期损益。按照规定扣除100％的基础，然后按照研发扣除50％的费用；形成无形资产的，按无形资产成本的150％摊销。尽管新企业所得税法的实施条例明确规定，企业所得税研究与开发费用的优惠扣除仅限于“新技术，新产品，新工艺的开发”，但该政策要优于原先的“技术开发费”，无论概念如何。，范围或研发领域已更改。存在以下问题：首先，需要解决“开发新技术，新产品和新工艺”的问题。其次，“研究与开发费用”项目的内容应包括哪些具体费用。第三是原始的有关技术开发费的规定如何适用。根据《财政部国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》（财税[2006] 88号）的有关规定，对符合条件的企业进行技术开发。纳税年度实际发生的费用项目是在实行100％扣除的基础上，允许在当年扣除公司所得税之前，将实际发生额的50％额外扣除。企业当年实际发生的技术开发费用中不足以抵扣的部分，可以在以后年度企业所得税的应纳税所得额中结转，抵扣的最高期限不得超过5年。年份。但是，新税法规定，在计算应纳税所得额时，企业的上述研发费用可以扣除研发费用的50％，以及如何处理企业结转的未扣除的技术开发费用金额。上一年的企业。新税法和相关政策没有明确规定。
4.固定资产超重扣除政策的趋同
新税法规定，由于技术进步和其他原因而需要折旧的企业固定资产可以缩短折旧期限或采用加速折旧的方法。原始税法与固定资产折旧期之间存在不一致之处。例如，新税法规定运输车辆和电子设备的最短折旧期限将分别从5年缩短为4年和3年。此规则仅适用于2008年1月1日之后购买的设备吗？之前购买的设备如何实施？此外，尽管《新税法》第32条规定，可用于缩短折旧期限或采用加速折旧方法的固定资产，该规定目前尚不可用。至于“由于技术进步，产品更换速度更快的固定资产”和“常年处于强烈振动和高腐蚀状态的固定资产”，则没有具体的定义。
5.关于资源综合利用的政策问题
新的《企业所得税法实施条例》第99条规定：《企业所得税法》第33条所指的“收入减免”是指使用《企业所得税综合利用优惠目录》中指定的资源的企业。资源”为主要原料来自不受国家限制或禁止且符合相关国家和行业标准的产品生产的收入减至总收入的90％。问题在于，企业资源综合利用所产生的大多数产品不是对外出售，而是继续用作生产的原料。在制定优惠目录时，如何合理确定相关收入，价格，产品尺寸等是必须考虑的问题。
（4）核实企业征收和企业所得税征收管理中存在的问题
1.有关对受企业所得税核查的企业实施税收优惠的问题
“企业所得税月度（季度）预付款纳税申报表”声明指出：“应按规定的税率缴纳企业所得税的纳税人可依法享受过渡时期的税收优惠，小型和低利润公司和高科技税务机关批准或备案的技术企业优惠和其他减免税优惠。 ”但是，该规定与《国家税务总局关于印发〈企业所得税征收和核准办法〉（试行）的通知》（国税发〔2008〕200号）的有关规定不符。 30），这在实际工作中很难操作。
2.有关企业清算所得税申报的问题
新税法第55条规定：企业应在向注销机关申报清算收入，并依法缴纳企业所得税后，再办理注销登记。《新企业所得税法实施条例》第十一条规定，清算收入是指企业全部资产的可变现价值或交易价格减去资产净值，清算费用及相关税费后的余额。作者认为，自1994年以来，由于缺乏清晰的企业清算收集和管理规定，大多数公司在注销时没有向税务机关提交清算报告。实际上，税务机关很难管理企业的清算收入。更认真。
2.有关进一步完善新的公司所得税监管制度的建议
（1）完善总部企业所得税的计算和征管体系
1.详细的税金计算方法
（1）通过组织结构的变化，进一步加强对分支机构避税的监督，明确和完善对二级以下分支机构的判断的适用标准，统一第二级及以下分支机构的税收征管标准。当地税务机关。可用的指标和依据包括：分支机构的运营权限；业务范围;企业内部的组织结构级别等
（3）加强优惠政策，享受条件和审批制度的制定
1.加快引入支持新税法的相关政策
（1）尽快阐明原始优惠政策的及时性和有效性。如果原来的优惠政策还没有到期，例如主，辅优惠政策分离，国内设备投资信贷优惠政策以及在新推出的文化中实施优惠政策的期限等问题需要尽快弄清制度改革试点地区等。
（2）确定优先级。鉴于新税法目前的工作重点和困难，以及迫切需要解决和澄清相关问题，将尽快出台相关的优惠判决标准，使基层企业在经营时可以遵循规则。 。例如，研发费用的范围以及“开发新技术，新产品和新工艺”的识别和管理方法；建立“环境保护专用设备环境所得税优惠目录”，“节能节水专用设备企业所得税优惠目录”和安全生产专用设备等的企业所得税优惠目录
2.完善税收优惠审批制度
关于特定问题，例如哪些税收优惠属于批准类别，哪些属于记录类别，权限范围，如何执行程序，证明文件的声明以及如何确定提供的信息，我们应该系统地重新阐明。新税法及其实施条例对减免税进行了调整，但尚未出台针对新企业减免税的具体优惠管理措施。在企业季度申报中，应尽快明确哪些可以直接享受，需要审批程序。
3.添加“用于购买特殊设备的企业所得税抵免详细清单”
由于跨期结转信用和持续使用特殊设备监督，税务机关有必要在几个连续的纳税期内对税收进行跟踪和管理，这相对较难管理。为了提高管理的质量和效率，笔者建议在年度纳税申报表中增加《特种设备购置抵免投资企业所得税明细表》作为附录，对企业进行全面，连续的登记管理。信用类型。
（4）加强对新企业所得税征收的管理
1.限制批准的税收收集者的范围
为了保护真正的小规模纳税人的利益，并通过执行批准的征税而无需设置帐簿，有效地防止纳税人欺诈税收优惠，可以享受税收优惠的批准的税收收集者的范围是有限的。也就是说，经税务机关批准无需设置账簿的纳税人，可以享受相关的税收优惠政策，同时明确定义不能设置账簿的纳税人的规模。此外，应设立但不设立账簿的纳税人不应享受国家的所有税收优惠政策。
2.完善企业清算所得税的征收与管理
新税法实施后，应详细制定企业清算所得税的征收和管理规定，在企业向税务机关申请注销时应提供哪些信息，由谁来确定，确定如何确定和确定清算收入的计算公式，将有助于加强管理，防止税收流失。