主要根据国家税务总局于2015年1月1日实施的《股权转让中个人所得税管理办法（试行）》进行处理。
首先，一般方法是：
1，以现金出资取得的股权，按照实际支付的价款和与取得股权直接相关的合理税金之和确定股权的原值；
2通过非货币性资产投资取得的股权，应当按照非货币性资产价格和获得股权投资时与购买股权直接相关的合理税款之和确认。税务部门;
3，通过未支付方式转让，取得股权并具有本办法第十三条第二项所列情形的，应当按照已缴纳的合理税款之和确认其原始价值。以所购股权和原始持有人股权的原始价值；
4被投资公司将资本公积，盈余公积，未分配利润转换为股本，而个人股东依法缴纳个人所得税的，以该笔新转让的股本之和确认。转让金额及相关税费；
5.除上述规定外，主管税务机关应根据避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权的原始价值。
第二，特殊情况处理
1.如果股权转让人已获得主管税务机关的批准，可以收取股权转让所得并依法征收个人所得税，则股权的原始价值股权受让方在取得股权时应当合理。税项和股权转让人由主管税务机关批准的股权转让收入之和确认。
2.如果个人转让权益没有提供完整且准确的原始价值证明，并且无法正确计算权益的原始价值，主管税务机关应核实权益的原始价值。
3.对于多次获得同一被投资企业股权的个人，在转让部分股权时，采用“加权平均法”确定股权的原始价值。
如果个人直接持有股票，则在出售股票的情况下，根据《关于转让上市公司限制性股票的个人所得税问题的通知》，应纳税额=应纳税所得额×
个人股东权益转让完成后，承让人因未在规定的期限内支付价格而取得的违约金收入，应当计入股权转让收入。个人股东股权转让价格是指个人股东转让股权的总价，包括现金，非货币性资产或股权，实际交易价格为股权转让价格。股权转让对价的，按照取得的凭证上的价格计算。但是，如果凭单上注明的价格明显偏低或没有证明，主管税务机关应参照当地市场价格核定应纳税所得额。股权转让的对价为证券的，由主管税务机关根据票面价格和市场价格核定价格。如果纳税人或扣缴义务人的征税基础明显低下（如平价和低价转让等）且没有正当理由，则当地主管税务机关可以参考每股净资产或股份比例由个人股东享有。净资产份额已获批准。合理化是指股权转让符合独立交易的原则，符合合理的经济行为和实际情况。
股权税成本是指个人股东投资股票时实际交付给企业的资金金额，或购买股权时实际支付给股权原始转让人的股权转让价格的金额。个人股东转让其持有的部分股权的，转让的股权的税款成本按照转让比例确定，即部分股权的转让应税成本=全部股权的应税成本。 ×传输率。相关的合理税费，是指与个人股东的股权转让直接相关并按照独立交易原则缴纳的税费。在计算个人股东的股权转让收益时，不得扣除已计入被投资企业成本的税费。
发起人持有的公司股份不得在公司成立之日起一年内转让。公司公开发行股票前发行的股票，自公司股票在证券交易所上市之日起一年内不得转让。