如果您的软件公司满足享受增值税税收优惠的要求，超过3％的将被征收并退还增值税，即增值税的实际税负率为3％，并包括新客户的培训和实施成本签订增值税销售合同（因为税负率为3％，所以如果单独发行，将按5％营业税全额征税（税负率为5％）。征收后，将予以退还并前往税务局办理相关手续。
分析软件行业的税收优惠政策和税收筹划构想
1.阐明公司的税收性质，一般纳税人？小规模的纳税人？
软件销售和技术服务技术服务的税率为3％（小规模纳税人），6％（一般纳税人）软件产品16％
2.降低技术开发费的增值税
部分相对容易免税。您只需要将技术开发合同拿到当地科学技术局备案，但是您必须注意，知识产权必须由另一方拥有或由双方共享。它不是免税的。同样，如果您免税，则您开具的增值税发票不能被另一方扣除。
3.降低软件产品的增值税
软件产品的销售，无法逃避税率3％（小规模），16％（一般纳税人），小规模3％，但是如果软件销售额达到500万（一年内），您将被迫当您成为一般纳税人时，那时16％税率的压力会更大，因此建议您在此之前做一个好的软件产品认证。如果速度很快，它将在一个月内完成。即使收到此证书，即使是普通纳税人也可以享受3％的增值率（超过3％的部分将立即征收并退还）。
4.扣除研发费用
这可以帮助公司节省所得税。例如，一家公司一年的研发费用为100万。扣除研发费用后，研发费用为150万。这相当于说，如果成本增加50万，自然利润就会减少，所得税也就可以了。
5.最后，企业所得税
除了上述扣除的研发费用外，事实上，我们都知道软件公司的成本是多少，无非是人员成本。如果真是这样，那么您年底的所得税将非常糟糕。净利润的25％。在这种情况下，您可以在具有税收优惠的地区注册独资企业。不需要企业所得税。评估和征收个人所得税以完美解决成本问题。例如，江苏徐州经济开发区是增值税。企业的收入按当地保留的50％-70％返还。征收独资后的税率为0.5％-3.5％。它是一站式的服务平台，也非常适合外国企业。
根据财税[2000] 25号《关于鼓励发展软件产业和集成电路产业有关税收政策的通知》，《从2000年6月24日至201年底，对于其增值税负担中超过3％的部分实行征税和退款政策。
企业用于软件产品研发和扩大复制的退税不视为企业所得税应纳税所得额，也无需缴纳企业所得税。”
作为软件公司的增值税税收筹划，作者认为，软件公司的筹划重点主要是在增值税销售收入固定下来时尽可能多地返还。增值税额是根据上述规定确定的。该税在一定条件下免征企业所得税，因此该退税可以有效地扩大税后净利润。
以下是描述增值税征税计划思路的两种方法。
1.在为购买的软件产品选择发票时，普通票将比增值税发票退还更多。
对于可享受增值税退税的软件公司，规划方法是确保选择相同的质量，小规模纳税人应尽可能购买材料。
示例1.一个公司是两个软件和硬件制造商。2006年1月，公司软件产品实现收入1700万元，销售收入289万元。外包软件产品是从小型纳税人那里购买的。获得代表公司开具的增值税专用发票：公司的企业所得税率为33％：此时的增值税退税为
首先是软件超额负担= 289-1700 X 3％= 238（万元）。
结果是：2006年1月，该公司的增值税退税额为238万元人民币。
示例2：假设示例1中公司外包软件产品的投入为1000万元，此时可退还的增值税额为软件超额应纳税额=（289-10）-1700 X 3 ％= 228（万元）。
结果是：2006年1月，公司应退还增值税额：228万元。
由此可以看出，购买普通票或专用发票购买的软件产品，退还的增值税差额为100,000元。
应该注意的是，由于公司的购买产品的供应商已从一般纳税人变为小规模纳税人，因此相应软件产品的成本也将发生变化。例如，当公司购买10万元用于公司购买的软件产品的材料时，公司的成本为10÷17％= 59（万元）。当公司从小规模纳税人那里购买相同的物料时，考虑到小规模纳税人的销售收入应保持不变，则销售价格应为59 X（1 + 6％）= 63（万元）。该公司的米桶成本增加了4万元。考虑到增值税退税和材料成本上升，该计划将使公司的税后净利润变为10-4 X（1-33％）= 7.32（万元）。
2.设立分支机构时，使用现行的税收政策由中央办公室实施增值税，以实现统一核算和汇款，可以达到更多退还增值税的目的。
非建立分支机构时采用非独立会计：分支机构满足以下指定条件时，总部可以支付公司增值税并获得退税优惠；如果建立了独立的会计部门，它将增值税退款造成巨大损失。
国税发[1998] No. 137“国家税务总局关于企业附属机构之间转移的货物征收的规定有所增加。《关于增值税问题的通知》明确规定，《销售税法》第（三）项所指的销售，应当使用《增值税暂行条例实施细则》第四条。指在以下情况之一中接收机构的运作：
A.开具发票给买方；
B.向购买者收取款项。
如果在上述两种情况之一中接受接收机构的货物转移行为，则应向当地税务机关支付增值税；未发生上述两种情况的，由总部统一缴纳增值税。
如果接收机构仅针对部分货物开具发票或向买方收取付款，则接收机构应根据不同情况分别计算并向总公司或分支机构所在地纳税。